TAILIEUCHUNG - Báo cáo y học: "Quake: quality-aware detection and correction of sequencing errors"

Tuyển tập các báo cáo nghiên cứu về y học được đăng trên tạp chí y học Wertheim cung cấp cho các bạn kiến thức về ngành y đề tài: Quake: quality-aware detection and correction of sequencing errors. | Kelley et al. Genome Biology 2010 11 R116 http 2010 11 11 R116 Genome Biology SOFTWARE Open Access Quake quality-aware detection and correction of sequencing errors David R Kelley1 Michael C Schatz2 Steven L Salzberg1 Abstract We introduce Quake a program to detect and correct errors in DNA sequencing reads. Using a maximum likelihood approach incorporating quality values and nucleotide specific miscall rates Quake achieves the highest accuracy on realistically simulated reads. We further demonstrate substantial improvements in de novo assembly and SNP detection after using Quake. Quake can be used for any size project including more than one billion human reads and is freely available as open source software from http software quake. Rationale Massively parallel DNA sequencing has become a prominent tool in biological research 1 2 . The high-throughput and low cost of second-generation sequencing technologies has allowed researchers to address an ever-larger set of biological and biomedical problems. For example the 1000 Genomes Project is using sequencing to discover all common variations in the human genome 3 . The Genome 10K Project plans to sequence and assemble the genomes of 10 000 vertebrate species 4 . Sequencing is now being applied to a wide variety of tumor samples in an effort to identify mutations associated with cancer 5 6 . Common to all of these projects is the paramount need to accurately sequence the sample DNA. DNA sequence reads from Illumina sequencers one of the most successful of the second-generation technologies range from 35 to 125 bp in length. Although sequence fidelity is high the primary errors are substitution errors at rates of as we show in our experiments with errors rising in frequency at the 3 ends of reads. Sequencing errors complicate analysis which normally requires that reads be aligned to each other for genome assembly or to a reference genome for detection of mutations . Mistakes

• Báo cáo khoa học
• trình bày báo cáo
• tài liệu báo cáo khoa học
• báo cáo y học
• kiến thức y học
• nghiên cứu y học
• CÁCH TRÌNH BÀY BÁO CÁO
• PHƯƠNG PHÁP TRÌNH BÀY BÁO CÁO
• KĨ NĂNG TRÌNH BÀY BÁO CÁO
• MẸO TRÌNH BÁY BÁO CÁO
• TRÌNH BÀY BÁO CÁO KHOA HỌC
• TRÌNH BÀY LUẬN VĂN BÁO CÁO
• Hình thức báo cáo thực tập
• Báo cáo thực tập tốt nghiệp
• Báo cáo thực tập
• Trình bày báo cáo thực tập
• Hướng dẫn trình bày báo cáo
• Hướng dẫn viết báo cáo
• Mẫu báo cáo
• Cách trình bày luận văn
• Cách trình bày khóa luận
• Thể thức của báo cáo
• trình bày luận văn
• báo cáo nông nghiệp
• báo cáo y dược
• báo cáo sinh học
• chăn nuôi lợn
• Kỹ năng trình bày báo cáo
• Kỹ năng thuyết trình
• Thiết kế slide
• Định dạng văn bản
• Nội dung trình bày báo cáo
• Thời gian thuyết trình
• Thực tập chuyên ngành
• Hướng dẫn viết tiểu luận
• Cấu trúc báo cáo
• Cách thể hiện báo cáo
• Nội dung báo cáo
• cách trình bày báo cáo khoa học
• báo cáo khoa học sinh học
• báo cáo khoa học toán học
• tài liệu báo cáo nghiện cứu khoa học
• báo cáo ngành văn học
• báo cáo tiếng anh
• báo cáo khoa học
• thơ lục bát
• chăn nuôi
• báo cáo ngành kỹ thuật
• báo cáo ngành nông nghiệp
• báo cáo ngành ngoại ngữ
• báo cáo kinh tế
• báo cáo ngành tin học
• tài liệu báo cáo nghiên cứu khoa học
• báo cáo ngành y học
• trình bày thông tin tài sản thiếu trong báo cáo tài chính
• trình bày thông tin tài sản
• trình bày thông tin tài sản trong báo cáo tài chính doanh nghiệp
• phân tích tài chính
• tài chính doanh nghiệp
• phân tích tài chính doanh nghiệp
• báo cáo tài chính
• Tài liệu về trình bày đồ án
• Trình bày đồ án tốt nghiệp
• Quy định trình bày báo cáo cáo chuyên đề
• Quy định trình bày bài tập lớn
• Viện Đại học Mở Hà Nội
• mẫu báo cáo thực tập tốt nghiệp
• trình bày luận án
• cách viết báo cáo tốt nghiệp
• báo cáo tốt nghiệp
• Báo cáo phân tích ngành hàng hải
• báo cáo khoa học kinh tế
• báo cáo kỹ thuật