TAILIEUCHUNG - Báo cáo y học: "Improving RNA-Seq expression estimates by correcting for fragment bias"

Tuyển tập các báo cáo nghiên cứu về y học được đăng trên tạp chí y học Wertheim cung cấp cho các bạn kiến thức về ngành y đề tài: Improving RNA-Seq expression estimates by correcting for fragment bias. | Roberts et al. Genome Biology 2011 12 R22 http 2011 12 3 R22 Genome Biology METHOD Open Access Improving RNA-Seq expression estimates by correcting for fragment bias 1 23 2 23 Adam Roberts Cole Trapnell 1 Julie Donaghey John L Rinn 1 and Lior Pachter1 Abstract The biochemistry of RNA-Seq library preparation results in cDNA fragments that are not uniformly distributed within the transcripts they represent. This non-uniformity must be accounted for when estimating expression levels and we show how to perform the needed corrections using a likelihood based approach. We find improvements in expression estimates as measured by correlation with independently performed qRT-PCR and show that correction of bias leads to improved replicability of results across libraries and sequencing technologies. Background RNA-Seq technology offers the possibility of accurately measuring transcript abundances in a sample of RNA by sequencing of double stranded cDNA 1 . Unfortunately current technological limitations of sequencers require that the cDNA molecules represent only partial fragments of the RNA being probed. The cDNA fragments are obtained by a series of steps often including reverse transcription primed by random hexamers RH or by oligo dT . Most protocols also include a fragmentation step typically RNA hydrolysis or nebulization or alternatively cDNA fragmentation by DNase I treatment or sonication. Many sequencing technologies also require constrained cDNA lengths so a final gel cutting step for size selection may be included. Figure 1 shows how some of these procedures are combined in a typical experiment. The randomness inherent in many of the preparation steps for RNA-Seq leads to fragments whose starting points relative to the transcripts from which they were sequenced appear to be chosen approximately uniformly at random. This observation has been the basis of assumptions underlying a number of RNA-Seq analysis approaches that in computer science .

Việt Thắng 38 14 pdf

Upload

Bấm vào đây để xem trước nội dung

Tải xuống

TÀI LIỆU LIÊN QUAN

PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU KHOA HỌC - CÁCH TRÌNH BÀY MỘT BÀI BÁO KHOA HỌC

24 318 11

Hình thức trình bày bài báo cáo thực tập tốt nghiệp

19 318 4

Hướng dẫn trình bày, viết báo cáo và các phục lục

9 268 2

Báo cáo nghiên cứu khoa học: "Nghiên cứu thực trạng giống lợn địa phương (Lợn Cỏ) đang nuôi tại các huyện miền núi tỉnh Quảng Nam"

9 232 1

Bài giảng Kỹ năng trình bày báo cáo và thuyết trình

14 293 5

Hướng dẫn trình bày báo cáo thực tập chuyên ngành

14 252 1

Báo cáo khoa học: " Áp dụng thủ tục phân tích trong kiểm toán báo cáo tài chính"

8 256 1

Báo cáo nghiên cứu khoa học: "Vị thế và đặc trưng thi pháp của thể loại lục bát trong thơ mới 1932 - 1945"

10 201 0

Báo cáo nghiên cứu khoa học: "Nghiên cứu điều kiện chăn nuôi và sức sản xuất của giống lợn địa phương (Lợn Cỏ) đang nuôi tại các huyện miền núi tỉnh Quảng Nam."

11 213 0

Báo cáo nghiên cứu khoa học: "BÀN VỀ VẤN ĐỀ KIỂM TRA, ĐÁNH GIÁ CHUẨN TRÌNH ĐỘ TIẾNG NGA NHƯ MỘT NGOẠI NGỮ VÀ KHẢ NĂNG ÁP DỤNG VÀO QUÁ TRÌNH ĐÀO TẠO CỬ NHÂN TIẾNG NGA TẠI CÁC TRƯỜNG ĐẠI HỌC CHUYÊN NGỮ"

7 199 0

TÀI LIỆU XEM NHIỀU

Một Case Về Hematology (1)

8 461915 55

Giới thiệu :Lập trình mã nguồn mở

14 22905 64

Tiểu luận: Tư tưởng Hồ Chí Minh về xây dựng nhà nước trong sạch vững mạnh

13 10960 531

Câu hỏi và đáp án bài tập tình huống Quản trị học

14 10149 450

Phân tích và làm rõ ý kiến sau: “Bài thơ Tự tình II vừa nói lên bi kịch duyên phận vừa cho thấy khát vọng sống, khát vọng hạnh phúc của Hồ Xuân Hương”

3 9557 104

Ebook Facts and Figures – Basic reading practice: Phần 1 – Đặng Tuấn Anh (Dịch)

249 8342 1127

Tiểu luận: Nội dung tư tưởng Hồ Chí Minh về đạo đức

16 8270 423

Mẫu đơn thông tin ứng viên ngân hàng VIB

8 7883 2224

Đề tài: Dự án kinh doanh thời trang quần áo nữ

17 6780 255

Giáo trình Tư tưởng Hồ Chí Minh - Mạch Quang Thắng (Dành cho bậc ĐH - Không chuyên ngành Lý luận chính trị)

152 5977 1440

TỪ KHÓA LIÊN QUAN

TÀI LIỆU MỚI ĐĂNG

Báo cáo nghiên cứu khoa học " KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU BƯỚC ĐẦU VỀ THIÊN ĐỊCH CHÂN KHỚP TRÊN CÂY THANH TRÀ Ở THỪA THIÊN HUẾ "

7 179 0 13-05-2024

Bơm máy nén quạt trong công nghiệp part 8

20 204 2 13-05-2024

MySQL Basics for Visual Learners PHẦN 9

15 189 0 13-05-2024

Đóng mới oto 8 chỗ ngồi part 9

10 123 0 13-05-2024

Đề tài: Tìm hiểu một số yêu cầu đặt ra với một phòng thu âm, để đảm bảo chất lượng âm thanh trong sản phẩm đa phương tiện

8 166 1 13-05-2024

báo cáo hóa học:" Endoscopic decompression for intraforaminal and extraforaminal nerve root compression"

7 114 0 13-05-2024

Bài Tiểu Luận Chuyên Đề Tổ Chức Hoạt Động Nhận Thức Trong Dạy Học Vật Lý " Định Luật Ôm Cho Các Loại Đoạn Mạch Chứa Nguồn Điện"

10 157 3 13-05-2024

Giáo trình phân tích phương trình vi phân viết dưới dạng thuật toán đặc tính của hệ thống p1

5 108 0 13-05-2024

ĐỀ THI THỬ ĐẠI HỌC 2009 – THPT ĐÔNG SƠN 1 – LẦN 2 – MÔN TOÁN

8 103 0 13-05-2024

Hướng dẫn chế độ dinh dưỡng cho người bệnh viêm khớp

5 125 0 13-05-2024

TÀI LIỆU HOT

Mẫu đơn thông tin ứng viên ngân hàng VIB

8 7883 2224

Giáo trình Tư tưởng Hồ Chí Minh - Mạch Quang Thắng (Dành cho bậc ĐH - Không chuyên ngành Lý luận chính trị)

152 5977 1440

Ebook Chào con ba mẹ đã sẵn sàng

112 3780 1248

Ebook Tuyển tập đề bài và bài văn nghị luận xã hội: Phần 1

62 5383 1137

Ebook Facts and Figures – Basic reading practice: Phần 1 – Đặng Tuấn Anh (Dịch)

249 8342 1127

Giáo trình Văn hóa kinh doanh - PGS.TS. Dương Thị Liễu

561 3532 651

Tiểu luận: Tư tưởng Hồ Chí Minh về xây dựng nhà nước trong sạch vững mạnh

13 10960 531

Giáo trình Sinh lí học trẻ em: Phần 1 - TS Lê Thanh Vân

122 3727 525

Giáo trình Pháp luật đại cương: Phần 1 - NXB ĐH Sư Phạm

274 4146 523

Bài tập nhóm quản lý dự án: Dự án xây dựng quán cafe

35 4172 481