TAILIEUCHUNG - Báo cáo y học: "Modeling non-uniformity in short-read rates in RNA-Seq data"

Tuyển tập các báo cáo nghiên cứu về y học được đăng trên tạp chí y học Wertheim cung cấp cho các bạn kiến thức về ngành y đề tài: Modeling non-uniformity in short-read rates in RNA-Seq data. | Li et al. Genome Biology 2010 11 R50 http 2010 11 5 R50 w Genome Biology METHOD Open Access Modeling non-uniformity in short-read rates in RNA-Seq data Jun Li 1 Hui Jiang1 2 and Wing Hung Wong 1 3 Abstract After mapping RNA-Seq data can be summarized by a sequence of read counts commonly modeled as Poisson variables with constant rates along each transcript which actually fit data poorly. We suggest using variable rates for different positions and propose two models to predict these rates based on local sequences. These models explain more than 50 of the variations and can lead to improved estimates of gene and isoform expressions for both Illumina and Applied Biosystems data. Background Microarrays are an efficient technology to measure the expression levels of many genes simultaneously but there are some limitations to this method. The expression estimates are typically not reliable for lowly expressed genes because the true signals are masked by cross-hybridization effects 1 2 . Furthermore the design of the array depends on annotation of gene structures and thus the method is not ideal for the discovery of novel splicing events. A recently developed alternative approach called RNA-Seq has the potential to overcome these difficulties 3 . RNA-Seq uses ultra-high-throughput sequencing 4 to determine the sequence of a large number of cDNA fragments. The resulting sequences reads can be long 100 nucleotides or short depending on the platform 4 . Two currently popular short-read platforms are Illumina s Solexa 5-11 and Applied Biosystems ABI s SOLiD 12 . Each can produce tens of millions of short reads in a single run 5-12 . In this paper we only consider the short-read RNA-Seq. The reads produced by RNA-Seq are first mapped to the genome and or to the reference transcripts using computer programs. Then the output of RNA-Seq can be summarized by a sequence of counts . That is for each position in the genome or on a putative transcript it gives a .

• Báo cáo khoa học
• trình bày báo cáo
• tài liệu báo cáo khoa học
• báo cáo y học
• kiến thức y học
• nghiên cứu y học
• CÁCH TRÌNH BÀY BÁO CÁO
• PHƯƠNG PHÁP TRÌNH BÀY BÁO CÁO
• KĨ NĂNG TRÌNH BÀY BÁO CÁO
• MẸO TRÌNH BÁY BÁO CÁO
• TRÌNH BÀY BÁO CÁO KHOA HỌC
• TRÌNH BÀY LUẬN VĂN BÁO CÁO
• Hình thức báo cáo thực tập
• Báo cáo thực tập tốt nghiệp
• Báo cáo thực tập
• Trình bày báo cáo thực tập
• Hướng dẫn trình bày báo cáo
• Hướng dẫn viết báo cáo
• Mẫu báo cáo
• Cách trình bày luận văn
• Cách trình bày khóa luận
• Thể thức của báo cáo
• trình bày luận văn
• báo cáo nông nghiệp
• báo cáo y dược
• báo cáo sinh học
• chăn nuôi lợn
• Kỹ năng trình bày báo cáo
• Kỹ năng thuyết trình
• Thiết kế slide
• Định dạng văn bản
• Nội dung trình bày báo cáo
• Thời gian thuyết trình
• Thực tập chuyên ngành
• Hướng dẫn viết tiểu luận
• Cấu trúc báo cáo
• Cách thể hiện báo cáo
• Nội dung báo cáo
• cách trình bày báo cáo khoa học
• báo cáo khoa học sinh học
• báo cáo khoa học toán học
• tài liệu báo cáo nghiện cứu khoa học
• báo cáo ngành văn học
• báo cáo tiếng anh
• báo cáo khoa học
• thơ lục bát
• chăn nuôi
• báo cáo ngành kỹ thuật
• báo cáo ngành nông nghiệp
• báo cáo ngành ngoại ngữ
• báo cáo kinh tế
• báo cáo ngành tin học
• tài liệu báo cáo nghiên cứu khoa học
• báo cáo ngành y học
• trình bày thông tin tài sản thiếu trong báo cáo tài chính
• trình bày thông tin tài sản
• trình bày thông tin tài sản trong báo cáo tài chính doanh nghiệp
• phân tích tài chính
• tài chính doanh nghiệp
• phân tích tài chính doanh nghiệp
• báo cáo tài chính
• Tài liệu về trình bày đồ án
• Trình bày đồ án tốt nghiệp
• Quy định trình bày báo cáo cáo chuyên đề
• Quy định trình bày bài tập lớn
• Viện Đại học Mở Hà Nội
• mẫu báo cáo thực tập tốt nghiệp
• trình bày luận án
• cách viết báo cáo tốt nghiệp
• báo cáo tốt nghiệp
• Báo cáo phân tích ngành hàng hải
• báo cáo khoa học kinh tế
• báo cáo kỹ thuật