TAILIEUCHUNG - Báo cáo y học: " A standard variation file format for human genome sequence"

Tuyển tập các báo cáo nghiên cứu về y học được đăng trên tạp chí y học Wertheim cung cấp cho các bạn kiến thức về ngành y đề tài: A standard variation file format for human genome sequences. | Reese et al. Genome Biology 2010 11 R88 http 2010 11 8 R88 Genome Biology METHOD Open Access A standard variation file format for human genome sequences h I S K f- I rG V 2 r I I D s r n ft I Cl r3 c I I ft I C-J-M-1Ei lir- r- ir- z t n m 4 r I h I s V- -5 I I r r I c o I 6 Mdiiin G Reese Ddiry Moore Colin Ddicneior Fidel Sdlds Fiond Cunninghdm Gdbor I Mdiin Lincoln Stein Paul Flicek4 Mdrk Ydndell2 Kdren Eilbeck7 Abstract Here we describe the Genome Vdridtion Formdt GVF dnd the 10Gen ddtdset. GVF dn extension of Generic Fedture Formdt version 3 GFF3 is d simple tdb-delimited formdt for DNA vdridnt files which uses Sequence Ontology to describe genome vdridtion ddtd. The 10Gen ddtdset ten humdn genomes in GVF formdt is freely dVdildble for community dndlysis from the Sequence Ontology website dnd from dn Amdzon eldstic block storage EBS sndpshot for use in Amdzon s EC2 cloud computing environment. Background With the advent of personalized genomics we have seen the first examples of fully sequenced individuals 1-9 . Now next generation sequencing technologies promise to radically increase the number of human sequences in the public domain. These data will come not just from large sequencing centers but also from individual laboratories. For reasons of resource economy variant files rather than raw sequence reads or assembled genomes are rapidly emerging as the common currency for exchange and analysis of next generation whole genome re-sequencing data. Several data formats have emerged recently for sequencing reads SRF 10 read alignments SAM BAM 11 genotype likelihoods posterior SNP probabilities GLF 12 and variant calling VCF 13 . However the resulting variant files of single nucleotide variants SNVs and structural variants SVs are still distributed as non-standardized tabular text files with each sequence provider producing its own idiomatic data files 1-9 . The lack of a standard format complicates comparisons of data from multiple sources and .

TỪ KHÓA LIÊN QUAN
TAILIEUCHUNG - Chia sẻ tài liệu không giới hạn
Địa chỉ : 444 Hoang Hoa Tham, Hanoi, Viet Nam
Website : tailieuchung.com
Email : tailieuchung20@gmail.com
Tailieuchung.com là thư viện tài liệu trực tuyến, nơi chia sẽ trao đổi hàng triệu tài liệu như luận văn đồ án, sách, giáo trình, đề thi.
Chúng tôi không chịu trách nhiệm liên quan đến các vấn đề bản quyền nội dung tài liệu được thành viên tự nguyện đăng tải lên, nếu phát hiện thấy tài liệu xấu hoặc tài liệu có bản quyền xin hãy email cho chúng tôi.
Đã phát hiện trình chặn quảng cáo AdBlock
Trang web này phụ thuộc vào doanh thu từ số lần hiển thị quảng cáo để tồn tại. Vui lòng tắt trình chặn quảng cáo của bạn hoặc tạm dừng tính năng chặn quảng cáo cho trang web này.