TAILIEUCHUNG - Báo cáo y học: "Tools for simulating evolution of aligned genomic regions with integrated parameter estimation"

Tuyển tập các báo cáo nghiên cứu về y học được đăng trên tạp chí y học Minireview cung cấp cho các bạn kiến thức về ngành y đề tài: Tools for simulating evolution of aligned genomic regions with integrated parameter estimation. | Open Access Software Tools for simulating evolution of aligned genomic regions with integrated parameter estimation Avinash Varadarajan Robert KBradley and Ian H Holmes Addresses Computer Science Division University of California Berkeley CA 94720-1776 USA. Biophysics Graduate Group University of California Berkeley CA 94720-3200 USA. Department of Bioengineering University of California Berkeley CA 94720-1762 USA. Correspondence Ian H Holmes. Email ihh@ Published 8 October 2008 Genome Biology 2008 9 RI47 doi gb-2008-9- I0-r 147 The electronic version of this article is the complete one and can be found online at http 2008 9 I0 RI47 Received 20 June 2008 Revised 21 August 2008 Accepted 8 October 2008 2008 Varadarajan et al. licensee BioMed Central Ltd. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License http licenses by which permits unrestricted use distribution and reproduction in any medium provided the original work is properly cited. Abstract Controlled simulations of genome evolution are useful for benchmarking tools. However many simulators lack extensibility and cannot measure parameters directly from data. These issues are addressed by three new open-source programs GSIMULATOR for neutrally evolving DNA SIMGRAM for generic structured features and SIMGENOME for syntenic genome blocks . Each offers algorithms for parameter measurement and reconstruction of ancestral sequence. All three tools out-perform the leading neutral DNA simulator DAWG in benchmarks. The programs are available at http SimulationTools. Rationale Almost every kind of genome annotation tool has at some point in its lifecycle been benchmarked on simulated data. Exceptions occur when the data are too poorly understood to be simulated or so well understood that simulation is unnecessary. For the regime in between generation of synthetic datasets is a nontrivial task. .

TỪ KHÓA LIÊN QUAN
TAILIEUCHUNG - Chia sẻ tài liệu không giới hạn
Địa chỉ : 444 Hoang Hoa Tham, Hanoi, Viet Nam
Website : tailieuchung.com
Email : tailieuchung20@gmail.com
Tailieuchung.com là thư viện tài liệu trực tuyến, nơi chia sẽ trao đổi hàng triệu tài liệu như luận văn đồ án, sách, giáo trình, đề thi.
Chúng tôi không chịu trách nhiệm liên quan đến các vấn đề bản quyền nội dung tài liệu được thành viên tự nguyện đăng tải lên, nếu phát hiện thấy tài liệu xấu hoặc tài liệu có bản quyền xin hãy email cho chúng tôi.
Đã phát hiện trình chặn quảng cáo AdBlock
Trang web này phụ thuộc vào doanh thu từ số lần hiển thị quảng cáo để tồn tại. Vui lòng tắt trình chặn quảng cáo của bạn hoặc tạm dừng tính năng chặn quảng cáo cho trang web này.