TAILIEUCHUNG - Báo cáo y học: "A vertebrate case study of the quality of assemblies derived from next-generation sequence"

Tuyển tập các báo cáo nghiên cứu về y học được đăng trên tạp chí y học Wertheim cung cấp cho các bạn kiến thức về ngành y đề tài: A vertebrate case study of the quality of assemblies derived from next-generation sequences. | Ye et al. Genome Biology 2011 12 R31 http 2011 12 3 R31 Genome Biology METHOD Open Access A vertebrate ease study of the quality of assemblies derived from next-generation sequenees 1 111 1 11 Liang Ye LaDeana W Hillier Patrick Minx Nay Thane Devin P Locke John C Martin Lei Chen 12 1 11 1 Makedonka Mitreva Jason R Miller Kevin V Haub David J Dooling Elaine R Mardis Richard K Wilson George M Weinstock1 and Wesley C Warren1 Abstract The unparalleled efficiency of next-generation sequencing NGS has prompted widespread adoption but significant problems remain in the use of NGS data for whole genome assembly. We explore the advantages and disadvantages of chicken genome assemblies generated using a variety of sequencing and assembly methodologies. NGS assemblies are equivalent in some ways to a Sanger-based assembly yet deficient in others. Nonetheless these assemblies are sufficient for the identification of the majority of genes and can reveal novel sequences when compared to existing assembly references. Background Whole genome assemblies are defined as hierarchical structures of sequence units or contigs built from overlapping sequence reads that are linked together physically into higher order supercontigs . How completely one can reconstruct the genome of a species de novo is dependent on a number of genomic properties including repeat content heterozygosity and ploidy as well as the sequencing platform used to generate the primary data. Over the past decade most large 1 Gbp genomes were sequenced exclusively on capillary-based Sanger sequencers. The emergence of next-generation sequencing NGS technologies has led to the promise of rapidly generating de novo genome assemblies for a wide variety of species including vertebrates with large complex genomes. Although the use of NGS data is now an established paradigm for producing microbe assemblies constructing highly contiguous assemblies using NGS data from higher organisms has been challenging 1

TỪ KHÓA LIÊN QUAN
TAILIEUCHUNG - Chia sẻ tài liệu không giới hạn
Địa chỉ : 444 Hoang Hoa Tham, Hanoi, Viet Nam
Website : tailieuchung.com
Email : tailieuchung20@gmail.com
Tailieuchung.com là thư viện tài liệu trực tuyến, nơi chia sẽ trao đổi hàng triệu tài liệu như luận văn đồ án, sách, giáo trình, đề thi.
Chúng tôi không chịu trách nhiệm liên quan đến các vấn đề bản quyền nội dung tài liệu được thành viên tự nguyện đăng tải lên, nếu phát hiện thấy tài liệu xấu hoặc tài liệu có bản quyền xin hãy email cho chúng tôi.
Đã phát hiện trình chặn quảng cáo AdBlock
Trang web này phụ thuộc vào doanh thu từ số lần hiển thị quảng cáo để tồn tại. Vui lòng tắt trình chặn quảng cáo của bạn hoặc tạm dừng tính năng chặn quảng cáo cho trang web này.