TAILIEUCHUNG - Báo cáo y học: "MONKEY: identifying conserved transcription-factor binding sites in multiple alignments using a binding site-specific evolutionary model"

Tuyển tập các báo cáo nghiên cứu về y học được đăng trên tạp chí y học quốc tế cung cấp cho các bạn kiến thức về ngành y đề tài: MONKEY: identifying conserved transcription-factor binding sites in multiple alignments using a binding site-specific evolutionary model. | Open Access Method MONKEY identifying conserved transcription-factor binding sites in multiple alignments using a binding site-specific evolutionary model Alan M Moses Derek Y Chiang Daniel A Pollard Venky N Iyer and Michael B Eisen Addresses Graduate Group in Biophysics University of California Berkeley CA 94720 USA. Center for Integrative Genomics University of California Berkeley CA 94720. Department of Molecular and Cell Biology University of California Berkeley CA 94720 USA. Department of Genome Sciences Genomics Division Ernest Orlando Lawrence Berkeley National Lab 1 Cyclotron Road CA 942770 USA. Correspondence Michael B Eisen. E-mail mbeisen@ Published 30 November 2004 Genome Biology 2004 5 R98 The electronic version of this article is the complete one and can be found online at http 2004A5 12 R98 Received 28 August 2004 Revised 21 October 2004 Accepted 28 October 2004 2004 Moses et al licensee BioMed Central Ltd. This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License http licenses by which permits unrestricted use distribution and reproduction in any medium provided the original work is properly cited. Abstract We introduce a method MONKEY to identify conserved transcription-factor binding sites in multispecies alignments. MONKEY employs probabilistic models of factor specificity and bindingsite evolution on which basis we compute the likelihood that putative sites are conserved and assign statistical significance to each hit. Using genomes from the genus Saccharomyces we illustrate how the significance of real sites increases with evolutionary distance and explore the relationship between conservation and function. Background Different types of genomic features have characteristic patterns of evolution that when sequences from closely related organisms are available can be exploited to annotate genomes 1 . Methods for comparative sequence analysis that exploit

TỪ KHÓA LIÊN QUAN
TAILIEUCHUNG - Chia sẻ tài liệu không giới hạn
Địa chỉ : 444 Hoang Hoa Tham, Hanoi, Viet Nam
Website : tailieuchung.com
Email : tailieuchung20@gmail.com
Tailieuchung.com là thư viện tài liệu trực tuyến, nơi chia sẽ trao đổi hàng triệu tài liệu như luận văn đồ án, sách, giáo trình, đề thi.
Chúng tôi không chịu trách nhiệm liên quan đến các vấn đề bản quyền nội dung tài liệu được thành viên tự nguyện đăng tải lên, nếu phát hiện thấy tài liệu xấu hoặc tài liệu có bản quyền xin hãy email cho chúng tôi.
Đã phát hiện trình chặn quảng cáo AdBlock
Trang web này phụ thuộc vào doanh thu từ số lần hiển thị quảng cáo để tồn tại. Vui lòng tắt trình chặn quảng cáo của bạn hoặc tạm dừng tính năng chặn quảng cáo cho trang web này.