TAILIEUCHUNG - Metabolomics Part 5

Tham khảo tài liệu 'metabolomics part 5', khoa học tự nhiên, công nghệ sinh học phục vụ nhu cầu học tập, nghiên cứu và làm việc hiệu quả | a 2D-TIC plot of Standard-Mixl-1 after peak finding and integration with seeded region growing based on the cosine mass spectral similarity with a fusion threshold of . Peak areas were limited to contain at most 100 points. b Differential plot of the two Standard-Mixl samples after DTW alignment based on vertical TIC slices. Yellow color indicates similar amounts of total ion intensity in both samples. Green shows a surplus in Standard-Mixl-lz while red shows a surplus in Standard-Mixl-2. Generic Software Frameworks for GC-MS Based Metabolomics Fig. 5. Visualizations of Standard-Mixl-1 after peak finding and of Standard-Mixl-1 and Standard-Mixl-2 after alignment with DTW. 92 Metabolomics The raw acquired samples in LECO s proprietary ELU format were exported to NetCDF format using the LECO ChromaTOF software LECO St. Joseph MI USA . Initial attempts to export the full raw data failed with a crash beyond a NetCDF file size of 4GBytes. Thus we resampled the data with ChromaTOF to 100 Hz resampling factor 2 and exported with automatic signal smoothing and baseline offset correction value of 1 which resulted in file sizes around 3GBytes per sample. The samples presented in this section are named Standard-Mix1-1 and Standard-Mix1-2 and were measured on different days Nov. 29th 2008 and Dec. 12th 2008 . The default ChromA4D pipeline for peak finding was called from within the unzipped Maltcms directory issued on a single line of input java -Xmx2G -jar -i . data -o . output -f .cdf -c cfg The pipeline first preprocesses the data by applying a median filter followed by a top hat filter in order to remove high- and low-frequency noise contributions Figures 4 a and 4 b . ChromA4D then uses a variant of seeded region growing in order to extend peak seeds which are found as local maxima of the 2D-TIC. These initial seeds are then extended until the mass spectral similarity of the seed and the next evaluated candidate drops below

TÀI LIỆU LIÊN QUAN
TỪ KHÓA LIÊN QUAN
TAILIEUCHUNG - Chia sẻ tài liệu không giới hạn
Địa chỉ : 444 Hoang Hoa Tham, Hanoi, Viet Nam
Website : tailieuchung.com
Email : tailieuchung20@gmail.com
Tailieuchung.com là thư viện tài liệu trực tuyến, nơi chia sẽ trao đổi hàng triệu tài liệu như luận văn đồ án, sách, giáo trình, đề thi.
Chúng tôi không chịu trách nhiệm liên quan đến các vấn đề bản quyền nội dung tài liệu được thành viên tự nguyện đăng tải lên, nếu phát hiện thấy tài liệu xấu hoặc tài liệu có bản quyền xin hãy email cho chúng tôi.
Đã phát hiện trình chặn quảng cáo AdBlock
Trang web này phụ thuộc vào doanh thu từ số lần hiển thị quảng cáo để tồn tại. Vui lòng tắt trình chặn quảng cáo của bạn hoặc tạm dừng tính năng chặn quảng cáo cho trang web này.