TAILIEUCHUNG - Báo cáo y học: "Estimating enrichment of repetitive elements from high-throughput sequence data"

Tuyển tập các báo cáo nghiên cứu về y học được đăng trên tạp chí y học Wertheim cung cấp cho các bạn kiến thức về ngành y đề tài: Estimating enrichment of repetitive elements from high-throughput sequence data. | Day et al. Genome Biology 2010 11 R69 http content 11 6 R69 Genome Biology METHOD Open Access Estimating enrichment of repetitive elements from high-throughput sequence data Daniel S Day1 2 Lovelace J Luquette 2 Peter J Park1 2 3 Peter V Kharchenko2 3 Abstract We describe computational methods for analysis of repetitive elements from short-read sequencing data and apply them to study histone modifications associated with the repetitive elements in human and mouse cells. Our results demonstrate that while accurate enrichment estimates can be obtained for individual repeat types and small sets of repeat instances there are distinct combinatorial patterns of chromatin marks associated with major annotated repeat families including H3K27me3 H3K9me3 differences among the endogenous retroviral element classes. Background Recent progress in high-throughput sequencing platforms has led to widespread utilization of short-read sequencing measurements for functional characterization of genomes. Application of high-throughput sequencing to chromatin immunoprecipitation ChIP-seq profiling has been particularly successful owing to its high signal-to-noise ratio a higher genome coverage and better spatial accuracy compared to the established microarray alternative 1 . The ChIP-seq technique has already been used to assess binding patterns of numerous transcription factors histone modifications and variants across large mammalian genomes 2-4 . It is also being employed by large-scale functional profiling efforts such as the ENCODE Encyclopedia of DNA Elements project 5 6 . The processing of the ChIP-seq data involves alignment of the reads to the genome followed by evaluation of the read density patterns to identify regions of statistically significant enrichment that indicate presence of the queried epitope. A number of computational methods have been proposed for such analysis 7-9 . However these methods typically utilize only the reads for which a unique .

TỪ KHÓA LIÊN QUAN
TAILIEUCHUNG - Chia sẻ tài liệu không giới hạn
Địa chỉ : 444 Hoang Hoa Tham, Hanoi, Viet Nam
Website : tailieuchung.com
Email : tailieuchung20@gmail.com
Tailieuchung.com là thư viện tài liệu trực tuyến, nơi chia sẽ trao đổi hàng triệu tài liệu như luận văn đồ án, sách, giáo trình, đề thi.
Chúng tôi không chịu trách nhiệm liên quan đến các vấn đề bản quyền nội dung tài liệu được thành viên tự nguyện đăng tải lên, nếu phát hiện thấy tài liệu xấu hoặc tài liệu có bản quyền xin hãy email cho chúng tôi.
Đã phát hiện trình chặn quảng cáo AdBlock
Trang web này phụ thuộc vào doanh thu từ số lần hiển thị quảng cáo để tồn tại. Vui lòng tắt trình chặn quảng cáo của bạn hoặc tạm dừng tính năng chặn quảng cáo cho trang web này.