TAILIEUCHUNG - Báo cáo y học: "Systematic analysis of genome-wide fitness data in yeast reveals novel gene function and drug action"

Tuyển tập các báo cáo nghiên cứu về y học được đăng trên tạp chí y học Wertheim cung cấp cho các bạn kiến thức về ngành y đề tài: Systematic analysis of genome-wide fitness data in yeast reveals novel gene function and drug action. | Hillenmeyer et al. Genome Biology 2010 11 R30 http 2010 11 3 R30 w Genome Biology METHOD _ Open Access Systematic analysis of genome-wide fitness data in yeast reveals novel gene function and drug action Maureen E Hillenmeyer1 2 Elke Ericson3 4 Ronald W Davis2 5 Corey Nislow4 6 Daphne Koller 7 and Guri Giaever 3 4 Abstract We systematically analyzed the relationships between gene fitness profiles co-fitness and drug inhibition profiles coinhibition from several hundred chemogenomic screens in yeast. Co-fitness predicted gene functions distinct from those derived from other assays and identified conditionally dependent protein complexes. Co-inhibitory compounds were weakly correlated by structure and therapeutic class. We developed an algorithm predicting protein targets of chemical compounds and verified its accuracy with experimental testing. Fitness data provide a novel systems-level perspective on the cell. Background Yeast competitive fitness data constitute a unique genome-wide assay of the cellular response to environmental and chemical perturbations 1-8 . Here we systematically analyzed the largest fitness dataset available comprising measurements of the growth rates of barcoded pooled deletion strains in the presence of over 400 unique perturbations 1 and show that the dataset reveals novel aspects of cellular physiology and provides a valuable resource for systems biology. In the haploinsuffi-ciency profiling HIP assay consisting of all 6 000 heterozygous deletions where one copy of each gene is deleted most strains 97 grow at the rate of wild type 9 when assayed in parallel. In the presence of a drug the strain deleted for the drug target is specifically sensitized as measured by a decrease in growth rate as a result of a further decrease in functional gene dosage by the drug binding to the target protein. In this way fitness data allow identification of the potential drug target 3 4 10 . In the homozygous profiling HOP assay applied to

TỪ KHÓA LIÊN QUAN
TAILIEUCHUNG - Chia sẻ tài liệu không giới hạn
Địa chỉ : 444 Hoang Hoa Tham, Hanoi, Viet Nam
Website : tailieuchung.com
Email : tailieuchung20@gmail.com
Tailieuchung.com là thư viện tài liệu trực tuyến, nơi chia sẽ trao đổi hàng triệu tài liệu như luận văn đồ án, sách, giáo trình, đề thi.
Chúng tôi không chịu trách nhiệm liên quan đến các vấn đề bản quyền nội dung tài liệu được thành viên tự nguyện đăng tải lên, nếu phát hiện thấy tài liệu xấu hoặc tài liệu có bản quyền xin hãy email cho chúng tôi.
Đã phát hiện trình chặn quảng cáo AdBlock
Trang web này phụ thuộc vào doanh thu từ số lần hiển thị quảng cáo để tồn tại. Vui lòng tắt trình chặn quảng cáo của bạn hoặc tạm dừng tính năng chặn quảng cáo cho trang web này.