TAILIEUCHUNG - Báo cáo y học: "Accuracy and quality of massively parallel DNA pyrosequencing"

Tuyển tập các báo cáo nghiên cứu về y học được đăng trên tạp chí y học Critical Care giúp cho các bạn có thêm kiến thức về ngành y học đề tài: Accuracy and quality of massively parallel DNA pyrosequencing. | Open Access Research Accuracy and quality of massively parallel DNA pyrosequencing Susan M Huse Julie A Huber Hilary G Morrison Mitchell L Sogin and David Mark Welch Address Josephine Bay Paul Center Marine Biological Laboratory at Woods Hole MBL Street Woods Hole MA 02543 USA. Correspondence Mitchell L Sogin. Email sogin@ Published 20 July 2007 Genome Biology 2007 8 R143 doi gb-2007-8-7-r143 The electronic version of this article is the complete one and can be found online at http 2007 8 7 R143 Received 1 March 2007 Revised 2 May 2007 Accepted 20 July 2007 2007 Huse et al. licensee BioMed Central Ltd. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License http licenses by which permits unrestricted use distribution and reproduction in any medium provided the original work is properly cited. Abstract Background Massively parallel pyrosequencing systems have increased the efficiency of DNA sequencing although the published per-base accuracy of a Roche GS20 is only 96 . In genome projects highly redundant consensus assemblies can compensate for sequencing errors. In contrast studies of microbial diversity that catalogue differences between PCR amplicons of ribosomal RNA genes rDNA or other conserved gene families cannot take advantage of consensus assemblies to detect and minimize incorrect base calls. Results We performed an empirical study of the per-base error rate for the Roche GS20 system using sequences of the V6 hypervariable region from cloned microbial ribosomal DNA tag sequencing . We calculated a accuracy rate in unassembled sequences and identified several factors that can be used to remove a small percentage of low-quality reads improving the accuracy to or better. Conclusion By using objective criteria to eliminate low quality data the quality of individual GS20 sequence reads in molecular ecological applications can surpass the accuracy .

TỪ KHÓA LIÊN QUAN
TAILIEUCHUNG - Chia sẻ tài liệu không giới hạn
Địa chỉ : 444 Hoang Hoa Tham, Hanoi, Viet Nam
Website : tailieuchung.com
Email : tailieuchung20@gmail.com
Tailieuchung.com là thư viện tài liệu trực tuyến, nơi chia sẽ trao đổi hàng triệu tài liệu như luận văn đồ án, sách, giáo trình, đề thi.
Chúng tôi không chịu trách nhiệm liên quan đến các vấn đề bản quyền nội dung tài liệu được thành viên tự nguyện đăng tải lên, nếu phát hiện thấy tài liệu xấu hoặc tài liệu có bản quyền xin hãy email cho chúng tôi.
Đã phát hiện trình chặn quảng cáo AdBlock
Trang web này phụ thuộc vào doanh thu từ số lần hiển thị quảng cáo để tồn tại. Vui lòng tắt trình chặn quảng cáo của bạn hoặc tạm dừng tính năng chặn quảng cáo cho trang web này.