TAILIEUCHUNG - Discovery of cell-type specific DNA motif grammar in cis-regulatory elements using random Forest

It has been observed that many transcription factors (TFs) can bind to different genomic loci depending on the cell type in which a TF is expressed in, even though the individual TF usually binds to the same core motif in different cell types. How a TF can bind to the genome in such a highly cell-type specific manner, is a critical research question. One hypothesis is that a TF requires co-binding of different TFs in different cell types. If this is the case, it may be possible to observe different combinations of TF motifs – a motif grammar – located at the TF binding sites in different cell types. In this study, we develop a bioinformatics method to systematically identify DNA motifs in TF binding sites across multiple cell types based on published ChIP-seq data, and address two questions: (1) can we build a machine learning classifier to predict cell-type specificity based on motif combinations alone, and (2) can we extract meaningful cell-type specific motif grammars from this classifier model. |

Mộng Vy 19 8 pdf

Upload

Bấm vào đây để xem trước nội dung

Tải xuống

TÀI LIỆU LIÊN QUAN

Comparative genomic, transcriptomic, and proteomic reannotation of human herpesvirus 6

17 77 1

Genetical genomics of growth in a chicken model

12 83 2

Computational cancer biology: Education is a natural key to many locks

6 85 1

Comparative genomics reveals broad genetic diversity, extensive recombination and nascent ecological adaptation in Micrococcus luteus

14 61 1

A comparative analysis of heart microRNAs in vertebrates brings novel insights into the evolution of genetic regulatory networks

20 56 1

Integrative genomics of the mammalian alveolar macrophage response to intracellular mycobacteria

20 66 1

Historical genomics reveals the evolutionary mechanisms behind multiple outbreaks of the host-specific coffee wilt pathogen Fusarium xylarioides

24 68 1

Virulence characterization and comparative genomics of Listeria monocytogenes sequence type 155 strains

18 61 1

A comparative genomics study of neuropeptide genes in the cnidarian subclasses Hexacorallia and Ceriantharia

21 64 1

GMIEC: A shiny application for the identification of gene-targeted drugs for precision medicine

7 67 1

TÀI LIỆU XEM NHIỀU

Một Case Về Hematology (1)

8 461871 55

Giới thiệu :Lập trình mã nguồn mở

14 22664 59

Tiểu luận: Tư tưởng Hồ Chí Minh về xây dựng nhà nước trong sạch vững mạnh

13 10897 529

Câu hỏi và đáp án bài tập tình huống Quản trị học

14 10069 446

Phân tích và làm rõ ý kiến sau: “Bài thơ Tự tình II vừa nói lên bi kịch duyên phận vừa cho thấy khát vọng sống, khát vọng hạnh phúc của Hồ Xuân Hương”

3 9533 104

Ebook Facts and Figures – Basic reading practice: Phần 1 – Đặng Tuấn Anh (Dịch)

249 8293 1125

Tiểu luận: Nội dung tư tưởng Hồ Chí Minh về đạo đức

16 8243 423

Mẫu đơn thông tin ứng viên ngân hàng VIB

8 7866 2220

Đề tài: Dự án kinh doanh thời trang quần áo nữ

17 6691 253

Vật lý hạt cơ bản (1)

29 5775 85

TỪ KHÓA LIÊN QUAN

TÀI LIỆU MỚI ĐĂNG

Sáng tạo trong thuật toán và lập trình với ngôn ngữ Pascal và C# Tập 2 - Chương 4

47 246 1 28-04-2024

Báo cáo nghiên cứu khoa học " KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU BƯỚC ĐẦU VỀ THIÊN ĐỊCH CHÂN KHỚP TRÊN CÂY THANH TRÀ Ở THỪA THIÊN HUẾ "

7 175 0 28-04-2024

The profit magic of stock Timing The Markets_5

22 120 0 28-04-2024

Khurana et al. Journal of Orthopaedic Surgery and Research 2010, 5:23

7 134 0 28-04-2024

Báo cáo tốt nghiệp: Vận hành và bảo dưỡng trong MPLS

92 144 3 28-04-2024

Data Structures and Algorithms - Chapter 9: Hashing

54 113 0 28-04-2024

XỬ TRÍ CHẤN THƯƠNG SỌ NÃO KÍN

1 114 1 28-04-2024

Hệ thống làm lạnh và điều hòa không khí

21 126 0 28-04-2024

Bài Tiểu Luận Chuyên Đề Tổ Chức Hoạt Động Nhận Thức Trong Dạy Học Vật Lý " Định Luật Ôm Cho Các Loại Đoạn Mạch Chứa Nguồn Điện"

10 151 3 28-04-2024

Lãi suất cơ bản, công cụ quan trọng của chính sách tiền tệ

5 114 0 28-04-2024

TÀI LIỆU HOT

Mẫu đơn thông tin ứng viên ngân hàng VIB

8 7866 2220

Giáo trình Tư tưởng Hồ Chí Minh - Mạch Quang Thắng (Dành cho bậc ĐH - Không chuyên ngành Lý luận chính trị)

152 5753 1381

Ebook Chào con ba mẹ đã sẵn sàng

112 3769 1231

Ebook Tuyển tập đề bài và bài văn nghị luận xã hội: Phần 1

62 5326 1136

Ebook Facts and Figures – Basic reading practice: Phần 1 – Đặng Tuấn Anh (Dịch)

249 8293 1125

Giáo trình Văn hóa kinh doanh - PGS.TS. Dương Thị Liễu

561 3502 643

Tiểu luận: Tư tưởng Hồ Chí Minh về xây dựng nhà nước trong sạch vững mạnh

13 10897 529

Giáo trình Sinh lí học trẻ em: Phần 1 - TS Lê Thanh Vân

122 3688 525

Giáo trình Pháp luật đại cương: Phần 1 - NXB ĐH Sư Phạm

274 4055 516

Bài tập nhóm quản lý dự án: Dự án xây dựng quán cafe

35 4132 480