Kinh doanh - Marketing
Kinh tế quản lý
Biểu mẫu - Văn bản
Tài chính - Ngân hàng
Công nghệ thông tin
Tiếng anh ngoại ngữ
Kĩ thuật công nghệ
Khoa học tự nhiên
Khoa học xã hội
Văn hóa nghệ thuật
Sức khỏe - Y tế
Văn bản luật
Nông Lâm Ngư
Kỹ năng mềm
Luận văn - Báo cáo
Giải trí - Thư giãn
Tài liệu phổ thông
Văn mẫu
Tài liệu HOT
Tìm
Danh mục
Kinh doanh - Marketing
Kinh tế quản lý
Biểu mẫu - Văn bản
Tài chính - Ngân hàng
Công nghệ thông tin
Tiếng anh ngoại ngữ
Kĩ thuật công nghệ
Khoa học tự nhiên
Khoa học xã hội
Văn hóa nghệ thuật
Y tế sức khỏe
Văn bản luật
Nông lâm ngư
Kĩ năng mềm
Luận văn - Báo cáo
Giải trí - Thư giãn
Tài liệu phổ thông
Văn mẫu
Thông tin
Điều khoản sử dụng
Quy định bảo mật
Quy chế hoạt động
Chính sách bản quyền
0
Trang chủ
Luận Văn - Báo Cáo
Báo cáo khoa học
Báo cáo "A new formulation for fast calculation of far field force in molecular dynamics simulations "
TAILIEUCHUNG - Báo cáo "A new formulation for fast calculation of far field force in molecular dynamics simulations "
We have developed a new formulation for fast calculation of far-field force of fast multipole method (FMM)in molecular dynamics simulations. FMM is a linear algorithm to calculate force for molecular dynamics simulations. GRAPE is a special-purpose computer dedicated to Coulombic force calculation. It runs 100-1000 times faster than normal computer at the same price. However FMM cannot be implemented directly on GRAPE. We have succeeded to implement FMM on GRAPE and developed a new formulation for far-field force calculation. . | VNU Journal of Science Mathematics - Physics 23 2007 1-8 A new formulation for fast calculation of far field force in molecular dynamics simulations Nguyen Hai Chau Department of Infomation Technology College of Technology VNU 144 Xuan Thuy Cau Giay Hanoi Vietnam Received 25 November 2006 received in revised form 7 August 2007 Abstract. We have developed a new formulation for fast calculation of far-field force of fast multipole method FMM in molecular dynamics simulations. FMM is a linear algorithm to calculate force for molecular dynamics simulations. GRAPE is a special-purpose computer dedicated to Coulombic force calculation. It runs 100-1000 times faster than normal computer at the same price. However FMM cannot be implemented directly on GRAPE. We have succeeded to implement FMM on GRAPE and developed a new formulation for far-field force calculation. Numerical tests show that the performance of FMM using our new formulation on GRAPE is approximately 2-5 times faster than that of FMM using conventional far field formulation. 1. Introduction Molecular dynamics MD simulations often require high calculation cost. The most intensive part of MD is calculation of Coulombic force among particles . atoms and ions . In naive direct-summation algorithm cost of the force calculation scales as O N2 where N is the number of particles. In order to reduce the cost of force calculation fast algorithms such as Barnes-Hut treecode 1 and fast multipole method 2 have been designed. Calculation cost of these algorithms are O N. log N and O N respectively. These fast algorithms are widely used in the field of MD simulation 3 4 . Another approach to accelerate the force calculation is to use hardware dedicated to the calculation of inter-particle force. GRAPE GRAvity PipE 5 6 is one of the most widely used hardware of that kind. Figure 1 shows basic structure of a GRAPE system. It consists of a GRAPE processor board and a general-purpose computer hereafter the host computer . A
Phước Nguyên
46
8
pdf
Báo lỗi
Trùng lắp nội dung
Văn hóa đồi trụy
Phản động
Bản quyền
File lỗi
Khác
Upload
Tải xuống
đang nạp các trang xem trước
Bấm vào đây để xem trước nội dung
Tải xuống
TÀI LIỆU LIÊN QUAN
Point defects and grain boundary effects on tensile strength of 3C-SiC studied by molecular dynamics simulations
7
79
1
Atomistic simulations of nanocrystalline U0.5Th0.5O2 solid solution under uniaxial tension
7
72
0
Ebook Biomolecular simulations in structure-based drug discovery (Vol 75): Part 1
172
59
0
Ebook Biomolecular simulations in structure-based drug discovery (Vol 75): Part 2
186
74
0
Báo cáo "A new formulation for fast calculation of far field force in molecular dynamics simulations "
8
35
0
Structure and physicochemical properties of the Aβ42 tetramer: Multiscale molecular dynamics simulations
17
105
0
Molecular dynamics simulations of structural properties of CuNi alloys during the cooling process at high pressure
8
26
1
Computational investigation of influenza A virus M2 protein inhibition mechanism by ion channel blockers
17
45
1
Evaluation of quercetin as a potential β-lactamase CTX-M-15 inhibitor via the molecular docking, dynamics simulations, and MMGBSA
12
55
1
MOLECULAR DYNAMICS – THEORETICAL DEVELOPMENTS AND APPLICATIONS IN NANOTECHNOLOGY AND ENERGY
1
47
1
TÀI LIỆU XEM NHIỀU
Một Case Về Hematology (1)
8
462068
59
Giới thiệu :Lập trình mã nguồn mở
14
23838
75
Tiểu luận: Tư tưởng Hồ Chí Minh về xây dựng nhà nước trong sạch vững mạnh
13
11128
536
Câu hỏi và đáp án bài tập tình huống Quản trị học
14
10374
458
Phân tích và làm rõ ý kiến sau: “Bài thơ Tự tình II vừa nói lên bi kịch duyên phận vừa cho thấy khát vọng sống, khát vọng hạnh phúc của Hồ Xuân Hương”
3
9653
106
Ebook Facts and Figures – Basic reading practice: Phần 1 – Đặng Tuấn Anh (Dịch)
249
8651
1149
Tiểu luận: Nội dung tư tưởng Hồ Chí Minh về đạo đức
16
8361
423
Mẫu đơn thông tin ứng viên ngân hàng VIB
8
7946
2249
Đề tài: Dự án kinh doanh thời trang quần áo nữ
17
6982
260
Giáo trình Tư tưởng Hồ Chí Minh - Mạch Quang Thắng (Dành cho bậc ĐH - Không chuyên ngành Lý luận chính trị)
152
6763
1610
TỪ KHÓA LIÊN QUAN
Báo cáo khoa học
dynamics simulations
Mathematics
Physics
Scientific reports
scientific studies
natural sciences
Nuclear engineering and technology
Point defects and grain boundary effects on tensile strength
3C SiC studied by molecular dynamics simulations
Molecular dynamics simulations
Symmetric tilt grain boundaries
Atomistic simulations of nanocrystalline U0
5Th0
5O2 solid solution
Nanocrystalline U0
5O2 solid solution under uniaxial tension
Simulations of pure UO2
Biomolecular simulations
Structure based drug discovery
Predictive power
Molecular dynamics
Monte carlo techniques
Ion channel simulations
Understanding allostery
Ligand design
Molecular dynamics applications
Structure of the Aβ42 tetramer
Physicochemical properties of the Aβ42 tetramer
Multiscale molecular dynamics simulations
The proposed all atom structures
Higher order oligomers
CuNi alloy
Face centered cubic
Mechanical behavior
Journal of Chemistry
Influenza A M2
Ion channel
Constant pH molecular dynamics simulations
Inhibitor molecules
β lactamases inhibitor
Antibiotic resistance
Molecular docking
Advanced Molecular
Numerical Integration
Techniques Based
Systematic Approach
Carbohydrate polymers
Polysaccharide structure dynamics
Phase separation
Xylan oligomers
Atomistic molecular dynamics simulation
BMC Bioinformatics
Fusion protein
Molecular modeling
Malaria morbidity
Replica exchange molecular dynamics simulation
Generalized Born implicit solvent
Tumor cells
Anti inflammatory
BMC Genomics
WRKY transcription factors
DNA binding proteins
Thermodynamic conditions
Crystal contacts
Protein conformations
Salt concentrations
Three dimensional quantitative structure activity relationship
1 2 3 triazole
Acetylcholinesterase inhibitory activity
Alzheimer’s disease
Coarse grained
Adrenergic receptor
Binding site
1 palmitoyl 2 oleoyl phosphatidylcholine membrane
CuNi alloys
Shear band
Polycrystalline Cu70Ni30
Quantum Sutton Chen embedded potential
Hexagonal closest packed
Mesoporous materials
Ion exchange
Mercury removal
Water decontamination
Preliminary measurements
báo cáo khoa học
báo cáo hóa học
công trình nghiên cứu về hóa học
tài liệu về hóa học
cách trình bày báo cáo
Human Lentivirus
Hardware Accelerated
Incorporating Molecular
Biological Activity
BMC Pharmacology and Toxicology
A2A adenosine receptor
5HT 4 receptor
Drug design
Drug databases
BMC Chemistry
Racemic mixtures
Prochiral substrates
Transition states
Ab initio simulations
Monte Carlo
TÀI LIỆU MỚI ĐĂNG
Giáo án mầm non chương trình đổi mới: Gia đình vui nhộn
4
354
1
30-06-2024
báo cáo hóa học:" Increased androgen receptor expression in serous carcinoma of the ovary is associated with an improved survival"
6
126
1
30-06-2024
Giáo trình phân tích phương trình vi phân viết dưới dạng thuật toán đặc tính của hệ thống p1
5
128
0
30-06-2024
Báo cáo nghiên cứu nông nghiệp " Field control of pest fruit flies in Vietnam "
14
163
2
30-06-2024
Anh văn TOEFL Vocabulary-008
8
133
0
30-06-2024
Tổng hợp Đề thi học sinh giỏi môn Sinh lớp 9 cấp huyện vòng 1 năm 2010-2011
12
203
2
30-06-2024
Color Atlas of Ophthamology
165
106
0
30-06-2024
báo cáo hóa học:" Perceptions of rewards among volunteer caregivers of people living with AIDS working in faith-based organizations in South Africa: a qualitative study"
10
122
0
30-06-2024
MANAGING NANO-BIO-INFO-COGNO INNOVATIONS
380
129
0
30-06-2024
Giáo trình toán ứng dụng trong tin học part 5
28
160
3
30-06-2024
TÀI LIỆU HOT
Mẫu đơn thông tin ứng viên ngân hàng VIB
8
7946
2249
Giáo trình Tư tưởng Hồ Chí Minh - Mạch Quang Thắng (Dành cho bậc ĐH - Không chuyên ngành Lý luận chính trị)
152
6763
1610
Ebook Chào con ba mẹ đã sẵn sàng
112
4025
1301
Ebook Tuyển tập đề bài và bài văn nghị luận xã hội: Phần 1
62
5709
1195
Ebook Facts and Figures – Basic reading practice: Phần 1 – Đặng Tuấn Anh (Dịch)
249
8651
1149
Giáo trình Văn hóa kinh doanh - PGS.TS. Dương Thị Liễu
561
3646
667
Giáo trình Sinh lí học trẻ em: Phần 1 - TS Lê Thanh Vân
122
3848
601
Giáo trình Pháp luật đại cương: Phần 1 - NXB ĐH Sư Phạm
274
4411
546
Tiểu luận: Tư tưởng Hồ Chí Minh về xây dựng nhà nước trong sạch vững mạnh
13
11128
536
Bài tập nhóm quản lý dự án: Dự án xây dựng quán cafe
35
4297
483
Đã phát hiện trình chặn quảng cáo AdBlock
Trang web này phụ thuộc vào doanh thu từ số lần hiển thị quảng cáo để tồn tại. Vui lòng tắt trình chặn quảng cáo của bạn hoặc tạm dừng tính năng chặn quảng cáo cho trang web này.