TAILIEUCHUNG - Báo cáo hóa học: " cDNA targets improve whole blood gene expression profiling and enhance detection of pharmocodynamic biomarkers: a quantitative platform analysis"

cDNA targets improve whole blood gene expression profiling and enhance detection of pharmocodynamic biomarkers: a quantitative platform analysis | Parrish et al. Journal of Translational Medicine 2010 8 87 http content 8 1 87 RESEARCH JOURNAL OF TRANSLATIONAL MEDICINE Open Access cDNA targets improve whole blood gene expression profiling and enhance detection of pharmocodynamic biomarkers a quantitative platform analysis 1 2 1 3 1 4 5 Mark L Parrish Chris Wright Yarek Rivers David Argilla Heather Collins Brendan Leeson Andrey Loboda Michael Nebozhyn 5 Matthew J Marton2 Serguei Lejnine5 Abstract Background Genome-wide gene expression profiling of whole blood is an attractive method for discovery of biomarkers due to its non-invasiveness simple clinical site processing and rich biological content. Except for a few successes this technology has not yet matured enough to reach its full potential of identifying biomarkers useful for clinical prognostic and diagnostic applications or in monitoring patient response to therapeutic intervention. A variety of technical problems have hampered efforts to utilize this technology for identification of biomarkers. One significant hurdle has been the high and variable concentrations of globin transcripts in whole blood total RNA potentially resulting in non-specific probe binding and high background. In this study we investigated and quantified the power of three whole blood profiling approaches to detect meaningful biological expression patterns. Methods To compare and quantify the impact of different mitigation technologies we used a globin transcript spike-in strategy to synthetically generate a globin-induced signature and then mitigate it with the three different technologies. Biological differences in globin transcript spiked samples were modeled by supplementing with either 1 of liver or 1 brain total RNA. In order to demonstrate the biological utility of a robust globin artifact mitigation strategy in biomarker discovery we treated whole blood ex vivo with suberoylanilide hydroxamic acid SAHA and compared the overlap between the .

• Báo cáo khoa học
• báo cáo hóa học
• báo cáo hóa học
• công trình nghiên cứu về hóa học
• tài liệu về hóa học
• cách trình bày báo cáo
• báo cáo khoa học
• trình bày báo cáo
• tài liệu báo cáo khoa học
• báo cáo khoa học sinh học
• báo cáo khoa học nông nghiệp
• tuyển tập báo cáo khoa học
• báo cáo ngành toán học
• báo cáo ngành sinh học
• báo cáo ngành vật lý
• phân tích nhiệt
• báo cáo ngành chăn nuôi
• nghiên cứu khoa học
• cách trình bày báo cáo khoa học
• báo cáo về văn học
• báo cáo triết học
• công nghiệp hóa
• hiện đại hóa
• báo cáo ngành triết học
• báo cáo ngành lịch sử
• báo cáo ngành văn học
• phát triển kinh tế
• báo cáo ngành kỹ thuật
• báo cáo về tin học
• báo cáo tiếng anh
• báo cáo kỹ thuật
• báo cáo sinh học
• báo cáo nông nghiệp
• báo cáo văn học