TAILIEUCHUNG - Hindawi Publishing Corporation EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology Volume 2011,

Hindawi Publishing Corporation EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology Volume 2011, Article ID 572876, 5 pages doi: Research Article Inference of Kinetic Parameters of Delayed Stochastic Models of Gene Expression Using a Markov Chain Approximation Henrik Mannerstrom,1 Olli Yli-Harja,1, 2 and Andre S. Ribeiro1 1 Computational Systems Biology Research Group, Department of Signal Processing, Tampere University of Technology, . Box 553, 33101 Tampere, Finland 2 Institute for Systems Biology, Seattle, WA 98103, USA Correspondence should be addressed to Henrik Mannerstrom, Received 21 October 2010; Accepted 4 December 2010 Academic Editor: Carsten Wiuf Copyright © 2011 Henrik Mannerstrom et al. This is an. | Hindawi Publishing Corporation EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology Volume 2011 Article ID 572876 5 pages doi 2011 572876 Research Article Inference of Kinetic Parameters of Delayed Stochastic Models of Gene Expression Using a Markov Chain Approximation Henrik Mannerstrom 1 Olli Yli-Harja 1 2 and Andre S. Ribeiro1 1 Computational Systems Biology Research Group Department of Signal Processing Tampere University of Technology . Box 553 33101 Tampere Finland 2 Institute for Systems Biology Seattle WA 98103 USA Correspondence should be addressed to Henrik Mannerstrom Received 21 October 2010 Accepted 4 December 2010 Academic Editor Carsten Wiuf Copyright 2011 Henrik Mannerstrom et al. This is an open access article distributed under the Creative Commons Attribution License which permits unrestricted use distribution and reproduction in any medium provided the original work is properly cited. We propose a Markov chain approximation of the delayed stochastic simulation algorithm to infer properties of the mechanisms in prokaryote transcription from the dynamics of RNA levels. We model transcription using the delayed stochastic modelling strategy and realistic parameter values for rate of transcription initiation and RNA degradation. From the model we generate time series of RNA levels at the single molecule level from which we use the method to infer the duration of the promoter open complex formation. This is found to be possible even when adding external Gaussian noise to the RNA levels. 1. Introduction Gene expression dynamics is influenced by even small fluctuations on the levels of various molecular species such as RNA polymerases and transcription factors. In some cases even the presence of a single molecule can cause phenotypic switching 1 . This makes the cellular metabolism inherently stochastic 2 . The stochasticity in the abundance of a substance is in general thought of being noise that obscures a signal .

• Báo cáo khoa học
• báo cáo khoa học
• báo cáo hóa học
• công trình nghiên cứu về hóa học
• tài liệu về hóa học
• cách trình bày báo cáo
• trình bày báo cáo
• tài liệu báo cáo khoa học
• cách trình bày báo cáo khoa học
• báo cáo khoa học sinh học
• báo cáo khoa học toán học
• luận văn mẫu
• người lính việt nam
• sau chiến tranh
• tuyển tập báo cáo khoa học
• báo cáo ngành triết học
• báo cáo ngành lịch sử
• báo cáo ngành văn học
• nghiên cứu khoa học
• báo cáo về văn học
• báo cáo triết học
• báo cáo văn học
• chuyên đề văn học
• văn học nghệ thuật
• văn học Việt NAm
• báo cáo ngành toán học
• báo cáo ngành vật lý
• báo cáo ngành chăn nuôi
• văn học Trung Hoa
• báo cáo khoa học kinh tế
• Kỷ yếu tóm tắt báo cáo khoa học
• Báo cáo khoa học y học
• Báo cáo y học
• Hội nghị khoa học tim mạch
• Báo cáo khoa học y khoa
• Tăng huyết áp
• báo cáo sinh học
• bảo tồn nguồn gen
• báo cáo ngành kỹ thuật
• Báo cáo quản lý chất thải sinh hoạt
• Báo cáo khoa học môi trường
• Báo cáo khoa học công nghệ
• Nghiên cứu khoa học về môi trường
• Đề tài nghiên cứu khoa học
• Báo cáo nghiên cứu khoa học