Kinh doanh - Marketing
Kinh tế quản lý
Biểu mẫu - Văn bản
Tài chính - Ngân hàng
Công nghệ thông tin
Tiếng anh ngoại ngữ
Kĩ thuật công nghệ
Khoa học tự nhiên
Khoa học xã hội
Văn hóa nghệ thuật
Sức khỏe - Y tế
Văn bản luật
Nông Lâm Ngư
Kỹ năng mềm
Luận văn - Báo cáo
Giải trí - Thư giãn
Tài liệu phổ thông
Văn mẫu
Tài liệu HOT
Tìm
Danh mục
Kinh doanh - Marketing
Kinh tế quản lý
Biểu mẫu - Văn bản
Tài chính - Ngân hàng
Công nghệ thông tin
Tiếng anh ngoại ngữ
Kĩ thuật công nghệ
Khoa học tự nhiên
Khoa học xã hội
Văn hóa nghệ thuật
Y tế sức khỏe
Văn bản luật
Nông lâm ngư
Kĩ năng mềm
Luận văn - Báo cáo
Giải trí - Thư giãn
Tài liệu phổ thông
Văn mẫu
Thông tin
Điều khoản sử dụng
Quy định bảo mật
Quy chế hoạt động
Chính sách bản quyền
0
Trang chủ
Khoa Học Tự Nhiên
Sinh học
QAPA: A new method for the systematic analysis of alternative polyadenylation from RNA-seq data
TAILIEUCHUNG - QAPA: A new method for the systematic analysis of alternative polyadenylation from RNA-seq data
Alternative polyadenylation (APA) affects most mammalian genes. The genome-wide investigation of APA has been hampered by an inability to reliably profile it using conventional RNA-seq. We describe ‘Quantification of APA’ (QAPA), a method that infers APA from conventional RNA-seq data. | Ha et al. Genome Biology 2018 19 45 https s13059-018-1414-4 METHOD Open Access QAPA a new method for the systematic analysis of alternative polyadenylation from RNA-seq data Kevin C. H. Ha1 2 Benjamin J. Blencowe1 2 and Quaid Morris1 2 3 4 Abstract Alternative polyadenylation APA affects most mammalian genes. The genome-wide investigation of APA has been hampered by an inability to reliably profile it using conventional RNA-seq. We describe Quantification of APA QAPA a method that infers APA from conventional RNA-seq data. QAPA is faster and more sensitive than other methods. Application of QAPA reveals discrete temporally coordinated APA programs during neurogenesis and that there is little overlap between genes regulated by alternative splicing and those by APA. Modeling of these data uncovers an APA sequence code. QAPA thus enables the discovery and characterization of programs of regulated APA using conventional RNA-seq. Keywords High-throughput RNA sequencing Alternative polyadenylation Machine learning Background The polyadenylation machinery responsible for recog- Alternative cleavage and polyadenylation APA of pre- nition of poly A sites involves interactions between sev- mRNA results in the formation of multiple mRNA tran- eral trans-acting factors and cis-elements. The core 3 script isoforms with distinct 3 untranslated regions processing factors include cleavage and polyadenylation UTRs . Approximately 70 of mammalian protein- specificity factor CPSF cleavage stimulation factor coding genes contain multiple polyadenylation poly A CstF and cleavage factors I and II CFI and CFII 10 sites 1 2 . Thus APA much like alternative pre-mRNA 12 . Transcription of the poly A site by RNA polymer- splicing AS 3 4 contributes extensively to eukaryotic ase II results in the recruitment of the above complexes transcriptome diversity and complexity. APA can occur via recognition of two surrounding sequence motifs in within introns or within 3 UTR .
Minh Phương
20
18
pdf
Báo lỗi
Trùng lắp nội dung
Văn hóa đồi trụy
Phản động
Bản quyền
File lỗi
Khác
Upload
Tải xuống
đang nạp các trang xem trước
Bấm vào đây để xem trước nội dung
Tải xuống
TÀI LIỆU LIÊN QUAN
Rapid scoring of genes in microbial pan-genome-wide association studies with Scoary
9
60
3
Millstone: Software for multiplex microbial genome analysis and engineering
7
71
3
Summary of Doctoral Thesis in Biology: Sequencing and analysis of mitochondrial genome of 6 indigenous pig breeds in some Northern provinces of Vietnam
27
57
1
The genome evolution and domestication of tropical fruit mango
17
70
1
EAGER: Efficient ancient genome reconstruction
14
68
1
Quantifying the mapping precision of genome-wide association studies using whole-genome sequencing data
10
59
3
HUPAN: A pan-genome analysis pipeline for human genomes
11
77
3
Genome-wide nucleotide patterns and potential mechanisms of genome divergence following domestication in maize and soybean
16
18
1
The whole genome sequence of the Mediterranean fruit fly, Ceratitis capitata (Wiedemann), reveals insights into the biology and adaptive evolution of a highly invasive pest species
31
59
1
AlleleAnalyzer: A tool for personalized and allele-specific sgRNA design
9
63
3
TÀI LIỆU XEM NHIỀU
Một Case Về Hematology (1)
8
461864
55
Giới thiệu :Lập trình mã nguồn mở
14
22635
59
Tiểu luận: Tư tưởng Hồ Chí Minh về xây dựng nhà nước trong sạch vững mạnh
13
10884
529
Câu hỏi và đáp án bài tập tình huống Quản trị học
14
10064
446
Phân tích và làm rõ ý kiến sau: “Bài thơ Tự tình II vừa nói lên bi kịch duyên phận vừa cho thấy khát vọng sống, khát vọng hạnh phúc của Hồ Xuân Hương”
3
9519
104
Ebook Facts and Figures – Basic reading practice: Phần 1 – Đặng Tuấn Anh (Dịch)
249
8280
1125
Tiểu luận: Nội dung tư tưởng Hồ Chí Minh về đạo đức
16
8230
423
Mẫu đơn thông tin ứng viên ngân hàng VIB
8
7864
2220
Đề tài: Dự án kinh doanh thời trang quần áo nữ
17
6686
253
Vật lý hạt cơ bản (1)
29
5770
85
TỪ KHÓA LIÊN QUAN
Sinh học
Genome Biology
High throughput RNA sequencing
Alternative polyadenylation
Machine learning
APA sequence code
Pan genome
Accessory genome
Whole genome sequencing
Next generation sequencing
Genome wide association studies
Synthetic biology
Synthetic genomics
Genome engineering
Microbial evolution
Laboratory evolution
Summary of Doctoral Thesis in Biology
Doctoral Thesis in Biology
Analysis of mitochondrial genome
Structure of mitochondrial genome
Genetic characteristics of pig breeds
Mango genome
Whole genome duplication
Notably cashew
Family Anacardiaceae
Genome resequencing clarifies
Genome reconstruction
Genome sequences
Genome analysis
Large scale genomic data sets
Ancient DNA
Mapping precision
False positive rate
Core genome
Presence absence variation
Genome assembly
Population specific variation
Base composition
Genome divergence
UV damage repair
Plant domestication provides
Genome structure
Medfly genome
Tephritid genomics
Insect orthology
Gene family evolution
Chromosomal synteny
Insect invasiveness
Insect adaptation
Genome surgery
Genome editing
Computational biology
Distinguishing alleles
High Yield cell and molecular biology
Cell and molecular biology
Chromosome replication
Meiosis and genetic recombination
The human nuclear genome
The human mitochondrial genome
Luận án Tiến sĩ
Summary of Biology doctoral thesis
Biology doctoral thesis
Mitochondrial genome
Northern provinces of Vietnam
Functional redundancy
Eukaryotic genome
Escape selective constraints
Genetic map
K mer
Genotypeby sequencing
Chromosome scale genome assembly
Ashkenazi human
Human reference genome
Single reference genome
Population specific reference genomes
Genome quality
Genome contamination
Metagenome assembled genomes
Quantifies genome chimerism
Genome graph
Bacterial adaptability
Human genome
Transcriptional repression
Genome higherorder organization
Transcriptional activity
Bacteriophage resistance
CRISPR Cas9 genome editing tools
Biological processes
Genome sequence
Automated circularization
Genome assemblies
Plasmodium falciparum
Therapeutic genome
Precisely modifying
Infectious diseases
3D genome structure
Higher order genome organization
Population based modeling
Homologous pairing
Drosophila melanogaster
Genome duplication
Interspecific hybridization
Genome evolution
Regulatory elements
Non coding regions
Genome wide quantification
Endogenous functionality
Predictive modeling
Synthetic organisms
Multiplex genome engineering
Hitchhiking mutations
TÀI LIỆU MỚI ĐĂNG
Động cơ đốt trong và máy kéo công nghiêp tập 1 part 7
23
258
0
26-04-2024
Động cơ đốt trong và máy kéo công nghiêp tập 2 part 8
32
260
0
26-04-2024
extremetech Hacking BlackBerry phần 9
31
248
0
26-04-2024
Oreilly learning the vi Editor phần 4
19
228
0
26-04-2024
Trading Strategies Profit Making Techniques For Stock_3
23
184
0
26-04-2024
TƯƠNG QUAN GIỮA MÔ HỌC, GIẢI PHẪU VÀ HÌNH ẢNH CỦA CÁC KHỐI U PHẦN PHỤ
3
167
0
26-04-2024
MySQL Basics for Visual Learners PHẦN 9
15
183
0
26-04-2024
Hướng dẫn sử dụng Quickoffice cho Ipad và Iphone
13
151
0
26-04-2024
Khurana et al. Journal of Orthopaedic Surgery and Research 2010, 5:23
7
133
0
26-04-2024
GIÁO TRÌNH MÁY ĐIỆN KHÍ CỤ ĐIỆN - PHẦN I MÁY ĐIỆN - CHƯƠNG 1
46
131
2
26-04-2024
TÀI LIỆU HOT
Mẫu đơn thông tin ứng viên ngân hàng VIB
8
7864
2220
Giáo trình Tư tưởng Hồ Chí Minh - Mạch Quang Thắng (Dành cho bậc ĐH - Không chuyên ngành Lý luận chính trị)
152
5722
1368
Ebook Chào con ba mẹ đã sẵn sàng
112
3767
1231
Ebook Tuyển tập đề bài và bài văn nghị luận xã hội: Phần 1
62
5319
1136
Ebook Facts and Figures – Basic reading practice: Phần 1 – Đặng Tuấn Anh (Dịch)
249
8280
1125
Giáo trình Văn hóa kinh doanh - PGS.TS. Dương Thị Liễu
561
3498
643
Tiểu luận: Tư tưởng Hồ Chí Minh về xây dựng nhà nước trong sạch vững mạnh
13
10884
529
Giáo trình Sinh lí học trẻ em: Phần 1 - TS Lê Thanh Vân
122
3684
525
Giáo trình Pháp luật đại cương: Phần 1 - NXB ĐH Sư Phạm
274
4046
515
Bài tập nhóm quản lý dự án: Dự án xây dựng quán cafe
35
4127
480
Đã phát hiện trình chặn quảng cáo AdBlock
Trang web này phụ thuộc vào doanh thu từ số lần hiển thị quảng cáo để tồn tại. Vui lòng tắt trình chặn quảng cáo của bạn hoặc tạm dừng tính năng chặn quảng cáo cho trang web này.