TAILIEUCHUNG - Phân tích và đánh giá hiệu năng hoạt động của CAPE

Bài viết này đi sâu vào việc phân tích và đánh giá hiệu năng hoạt năng hoạt động của CAPE thông qua việc so sánh mô hình hoạt động của nó với mô hình của MPI, từ đó đưa ra những nhận định cho việc sử dụng CAPE một cách hiệu quả. | Kỷ yếu Hội nghị Quốc gia lần thứ VI về Nghiên cứu cơ bản và ứng dụng Công nghệ thông tin (FAIR) Thừa Thiên Huế, ngày 20-21/06/2013 1 PHÂN TÍCH VÀ ĐÁNH GIÁ HIỆU NĂNG HOẠT ĐỘNG CỦA CAPE Hà Viết Hải1, Trần Văn Long2 1 Trường Đại học Sư phạm, Đại học Huế, Việt Nam 2 Trường Cao đẳng Công nghiệp Huế, Việt Nam haviethai@, tvlong@ TÓM TẮT— MPI (Message Passing Interface) và OpenMP là hai công cụ được sử dụng rộng rãi để phát triển các chương trình song song. Các chương trình MPI có ưu điểm là có hiệu năng cao nhưng khó phát triển trong khi OpenMP rất mạnh và dễ sử dụng. Tuy nhiên nhược điểm lớn nhất của OpenMP là chỉ có thể chạy trên các kiến trúc sử dụng bộ nhớ chia sẻ. CAPE (Checkpointing Aided Parallel Execution) là một hướng tiếp cận sử dụng kỹ thuật đánh dấu tiến trình (Checkpointing) để cài đặt OpenMP trên các kiến trúc sử dụng bộ nhớ phân tán. Bài báo này đi sâu vào việc phân tích và đánh giá hiệu năng hoạt năng hoạt động của CAPE thông qua việc so sánh mô hình hoạt động của nó với mô hình của MPI, từ đó đưa ra những nhận định cho việc sử dụng CAPE một cách hiệu quả. Từ khóa— CAPE, OpenMP, MPI, parallel computing, high performance computing, lập trình song song, tính toán hiệu năng cao. I. GIỚI THIỆU Để giảm thiểu khó khăn cho các lập trình viên khi phát triển các ứng dụng song song, các công cụ lập trình song song ở mức trừu tượng cao và dễ sử là một đòi hỏi bức thiết. MPI (Message Passing Interface) [1] và OpenMP [2] là hai công cụ trình được sử dụng rộng rãi để đáp ứng yêu cầu này. Các chương trình MPI có hiệu năng cao nhưng khó phát triển trong khi OpenMP rất mạnh và dễ sử dụng. Tuy nhiên nhược điểm lớn nhất của OpenMP là chỉ có thể chạy trên các kiến trúc sử dụng bộ nhớ chia sẻ. Đã có nhiều nỗ lực để cài đặt OpenMP trên các kiến trúc sử dụng bộ nhớ phân tán nhưng chưa có phương án nào thành công trên cả hai mặt là tương thích hoàn toàn với chuẩn OpenMP và có hiệu năng cao. Những phương án nổi bật nhất có thể kể đến là sử dụng SSI .

• Kỹ thuật lập trình
• Parallel computing
• High performance computing
• Lập trình song song
• Tính toán hiệu nâng cao
• Mô hình của MPI
• Lecture Parallel computing & Distributed systems
• Parallel computing & Distributed systems
• Bài giảng Tính toán song song và phân tán
• Parallel computer architectures
• Flynn’s taxonomy
• Conventional sequential machines
• Parallel matrix processing
• OpenMP Core Syntax
• Nested loops
• Introduction to Parallel Computing
• Algorithm design and parallel programming
• Design and analysis of parallel algorithms
• Parallel programming platforms
• Basic communication operations
• Analytical modeling of parallel programs
• Parallel processing
• Financial disaster modeling
• High perfomance computing
• Programming shared address space platforms
• Dense matrix algorithms
• Fast fourier transform
• Cache organization
• Fully set associative
• n way set associative
• Advanced topics
• Amdahl’s law
• Gustafson’s law
• The dRuby Book
• Distributed
• Parallel Computing with Ruby
• Distributed Ruby
• Tính toán song song
• Bài giảng Tính toán song song
• Kiến trúc song song đồng bộ
• Tổ chức các bộ vi xử lý
• Các mảng bộ vi xử lý
• Hệ thống xử lý song song
• Hệ thống tính toán song song
• Hệ thống nhiều máy tính
• Phương pháp trao đổi thông điệp
• Máy ảo song song
• Thuật toán song song
• Mô hình PRAM
• Thuật toán song song nhân hai ma trận
• Xử lý song song
• Xu hướng phát triển của CPU
• Mô hình lập trình song song
• Thuật ngữ tính toán song song
• Bộ nhớ máy tính song song
• Kiến trúc bộ nhớ máy tính song song
• MPJ Express
• Sequential rule
• Association rule
• High performance
• Quantum impurity system
• Time dependent spectral function
• Degrees of freedom
• The corresponding time evolution
• BMC Bioinformatics
• Population genetics
• Graphical user interface
• Linkage disequilibrium
• Information sciences
• Hardware architecture for membrane computing
• Parallel architectures
• Hardware design
• the parallel working mechanisms
• Market Oriented Grid
• Utility Computing
• Wiley Series on Parallel
• Distributed Computing
• market oriented
• earth sciences
• Research
• scientific research
• scientific reports
• DNA methylation
• Parallel pipeline
• Methylation analysis
• Phân tán dữ liệu
• Sự phát triển máy tính nhanh nhất
• Xu hướng máy tính
• NGS data analysis
• RNA Seq
• Cloud computing
• Paired end read analysis
• Single end read analysis
• Pipeline architecture
• RNA folding
• Parallel biological computing
• Loop tiling
• Transitive closure
• Loop skewing