TAILIEUCHUNG - Báo cáo " Tính năng lượng tự do Hydrat hoá của chất tương tự Axit amin bằng phương pháp động lực phân tử "

Tính năng lượng tự do Hydrat hoá của chất tương tự Axit amin bằng phương pháp động lực phân tử | Tạp chí Hóa học T. 47 6 Tr. 709 - 715 2009 TÍNH NĂNG LƯỢNG Tự DO HYDRAT HOÁ CỦA CHẤT TƯƠNG Tự AXIT AMIN BẰNG PHƯƠNG PHÁP ĐỘNG Lực PHÂN TỬ Đèn Tòa soạn 24-12-2008 ĐẶNG ÚNG VẬN1 NGUYỄN HOẠ MY2 1 Trường Đại học Hoà Bình Hà Nội 2Trung tâm ứng dụng tin trong hoá học ĐH Khoa học Tự nhiên ĐHQG Hà Nội ABSTRACT The paper deals with molecular dynamics calculation of solvation free energy of some amino acid side chain analogs in water hy GROMACS software and following Dillgroup calculation procedure. We calculated the f ee energy for turning off the Lennard-Jones interactions of 8 amino acid analogs including methane Ata n-butan Ile isohutan Leu propanefVal acetamid Asn p-cresoUTyr. etanol Thr and metanoHSer represented with the OPLS-AA force field in TIP3P water models. We achieved a high degree of statistical precision in molecular dynamic simulations and hy thermodynamic intergration method obtained the deviation of calculated fee energy of hydration of about - kcal mol from the experimental hydration f ee energy measurements of the same molecules. I - MỞ ĐẨƯ Tính toán năng lượng tự do là một trong những việc khó nhất và tốn kém thời gian máy nhất của động lưc phân tử. Tuy vậy về nguyên tắc phương pháp này cho kết quả khá phù hợp với thực nghiệm và có thể dự báo chính xác năng lượng tự do của các quá trình hoá lý 1 không kèm theo việc cắt đứt và hình thành các hèn kết cộng hoá trị ví dụ như quá trình xonvat hoá. quá trình tao phức Michaelis giữa phối tử và protein . Kết quả tính toán năng lượng tư do tnường rất nhạy với việc lưa chọn môt số điều kiện biên vốn không quan trọng đối với phép tính động lưc phân tử thông thường. Ví du như khi xử lý phần khoảng tác dụng xa của lưc Coulomb bằng thuật toán lưới hat Ewald PME các tham số PME vốn dủ dùng cho các tính toán dộng lưc phân từ thông thường thì lai có thê cho sai số nghiêm trọng trong việc tính toán năng lượng tư do cúa quá trình thay đổi điên tích iéng phần trên một phân tử. Vì thế với những tính toán năng .

• Báo cáo khoa học
• Phản ứng oxi hoá
• điện cực
• Hydrat hoá
• nghiên cứu hóa học
• công nghệ hóa học
• hóa học đời sống
• Phản ứng oxi hoá khử
• Tốc độ phản ứng hoá khử
• Cân bằng hoá học
• Đáp án chuyên đề ôn thi Đại học Hóa học
• Trắc nghiệm phản ứng oxi hóa khử
• quá trình oxi hóa khử
• Giải bài tập Hóa học 10
• Giải bài tập SGK Hóa 10
• Phản ứng oxi hoá khử
• Giải bài tập SGK Hóa 10 trang 82
• Bài tập Phản ứng oxi hoá
• Giáo án Hóa học
• Giáo án Hóa học lớp 10
• Giáo án điện tử lớp 10
• Phản ứng oxi hóa khử
• Chất oxi hoá
• Ý nghĩa của phản ứng oxi hoá khử
• Quá trình oxi hóa
• Nghiên cứu phản ứng Oxi hoá 1 Phenylletanol
• Muối Nitrat kim loại và KMnO4
• Bentonit hoạt hoá
• Hiệu suất phản ứng cao
• Phản ứng oxi hóa khử
• Giải bài tập SGK Hóa học 10 trang 88
• Bài tập về phản ứng oxi hoá
• Phản ứng oxi hoá khử Hóa 10
• Tạp chí hóa học
• Tổng hợp hệ xúc tác TiO2 NiO SiO2
• Phản ứng oxi hoá hidrocacbon
• Phản ứng oxi hóa
• Phản ứng thủy nhiệt
• ôn thi đại học hoá vô cơ
• bài tập trắc nghiệm hoá vô cơ
• bài tập trắc nghiệm oxi hoá khử
• Dự đoán sản phẩm phản ứng oxi hoá khử
• Giúp học tốt môn Hóa học
• Sáng kiến kinh nghiệm môn Hóa học
• Sáng kiến kinh nghiệm THPT
• Sáng kiến kinh nghiệm
• Hướng dẫn giải bài tập Hóa học 10
• Hướng dẫn giải bài tập SGK Hóa 10
• Chương 4 Phản ứng oxi hoá khử
• Giải bài tập trang 82 SGK Hóa 10
• Giải bài tập phản ứng oxi hoá
• Giải bài tập phản ứng oxi hoá khử
• bài tập hoá vô cơ
• bài tập phản ứng oxi hoá khử
• luyện thi đại học hoá vô cơ
• tài liệu ôn thi hoá vô cơ
• Chương 4 Phản ứng oxi hóa – khử
• Giải bài tập trang 88 SGK Hóa 10
• Giải bài tập về phản ứng oxi hoá
• hoá học
• hóa học vô cơ
• bài tập hóa học
• cân bằng phản ứng oxi hóa khử
• tài liệu ôn thi hoá
• hóa học đại cương
• điện hóa học
• phản ứng hóa học
• cân bằng phản ứng
• Thí nghiệm Hoá hữu cơ
• Hoá hữu cơ
• Hệ thống đun hoàn lưu
• Điều chế Benzoic acid
• chuyên đề hóa học
• chuỗi phản ứng hóa học
• hóa học trung học phổ thông
• phương pháp cân bằng
• oxi hoá khử
• Sáng kiến kinh nghiệm môn Hoá học
• Cân bằng phương trình hóa học
• Phương pháp tổng hợp oxi hóa
• Giáo án hóa 8
• Tài liệu hoá THCS
• Giáo án hóa THCS
• Hoá học lớp 8
• tính chất hóa học
• Nghiên cứu phản ứng oxi hoá khử
• nghiên cứu giảng dạy
• giảng dạy hóa học phổ thông
• Tài liệu hoá học
• cách giải bài tập hoá
• phương pháp học hoá
• bài tập hoá học
• cách giải nhanh hoá
• Tính oxi hoá
• Hợp chất hữu cơ
• Đề kiểm tra 1 tiết môn Hoá
• Đề kiểm tra môn Hoá
• Đề kiểm tra