TAILIEUCHUNG - Xây dựng bản đồ bộ gen lục lạp hoàn chỉnh của loài Lan hài hồng (Paphiopedilum delenatii Guillaumin 1924) đặc hữu Việt Nam

Bài viết mô tả chi tiết quy trình lắp ráp và chú thích bộ gen lục lạp hoàn chỉnh đơn giản có thể thực hiện trên máy tính cá nhân với thời gian ngắn và cho kết quả chính xác. Đối tượng thực hiện là loài lan Hài hồng (Paphiopedilum delenatii) đặc hữu của Việt Nam được xếp vào loại Cực kỳ nguy cấp (Critically Endangerd – CR) (IUCN, 2018). | Xây dựng bản đồ bộ gen lục lạp hoàn chỉnh của loài Lan hài hồng Paphiopedilum delenatii Guillaumin 1924 đặc hữu Việt Nam Tạp chí Công nghệ Sinh học 18 1 87-102 2020 XÂY DỰNG BẢN ĐỒ BỘ GEN LỤC LẠP HOÀN CHỈNH CỦA LOÀI LAN HÀI HỒNG Paphiopedilum delenatii Guillaumin 1924 ĐẶC HỮU VIỆT NAM Nguyễn Thanh Điềm1 Lê Thị Lý2 Nguyễn Hữu Thuần Anh1 Nguyễn Thành Công1 Vũ Thị Huyền Trang1 2 1 Trường Đại học Nguyễn Tất Thành thành phố Hồ Chí Minh 2 Trường Đại học Quốc tế Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh Người chịu trách nhiệm liên lạc. E-mail vthtrang@ Ngày nhận bài Ngày nhận đăng TÓM TẮT Lục lạp chloroplasts và ty thể mitochondria là những bào quan có bộ gen riêng so với bộ gen trong nhân tế bào. Bộ gen lục lạp cung cấp thông tin nghiên cứu về mối quan hệ tiến hóa của các loài xác định một loài một cách chính xác cung cấp chỉ thị ứng dụng trong chuyển gen nhân giống Nhờ công nghệ giải trình tự thế hệ mới mà việc giải trình tự bộ gen lục lạp dễ dàng hơn. Tuy nhiên quy trình lắp ráp bộ gen lục lạp hiện nay còn khá phức tạp do yêu cầu cần sử dụng nhiều công cụ tin sinh học khác nhau yêu cầu máy có cấu hình cao tốn nhiều thời gian. Trong bài viết này chúng tôi mô tả chi tiết quy trình lắp ráp bộ gen lục lạp hoàn chỉnh của mẫu lan Hài hồng Paphiopedilum delenatii đồng thời đưa ra một số khảo sát giúp cho việc lắp ráp dễ dàng và độ tin cậy cao. Bộ gen lục lạp loài lan Hài hồng sau khi được lắp ráp có chiều dài bp gồm một vùng sao chép lớn large single copy region LSC một vùng sao chép nhỏ small single copy region SSC được phân tách bởi hai vùng lặp lại đảo ngược. Tổng số gen là 130 gen GC content là 35 6 . Dữ liệu trình tự đã được đăng kí vào Ngân hàng gen GenBank với mã số MK463585. Nghiên cứu này còn đưa ra những thông số tối ưu để lắp ráp bộ gen. Kết quả nghiên cứu không chỉ đóng góp thông tin bộ gen lục lạp hỗ trợ công tác bảo tồn loài lan Hài đặc hữu của Việt Nam mà còn có ý nghĩa trong việc hỗ trợ hướng nghiên cứu lắp ráp bộ gen lục .

• Sinh học
• Xây dựng bản đồ bộ gen lục lạp
• Bộ gen lục lạp
• Loài Lan hài hồng
• Loài Lan hài hồng đặc hữu Việt Nam
• Kiểm tra chất lượng DNA