TAILIEUCHUNG - Định danh các loài nấm kí sinh và gây bệnh trên bệnh nhân nữ nhập viện ở Hải Dương bằng phương pháp so sánh chuỗi gen và phân tích phả hệ
Sử dụng phương pháp “mã vạch” DNA (DNA-barcoding), 36 chuỗi nucleotide vùng giao gen ITS (internal transcribed spacer) từ 43 mẫu bệnh phẩm nuôi cấy nấm đơn bào của bệnh nhân nữ nhập viện ở Hải Dương đã được thu nhận và phân tích so sánh với các chủng tham chiếu quốc tế. Chuỗi ITS có độ dài khác nhau tùy từng loài (0,5 – 1,2 kb) thu thập bằng phản ứng PCR và giải trình tự (cặp mồi ITS1F/ITS4R), được sử dụng để truy cập Ngân hàng gen và xác định loài dựa trên so sánh chuỗi và phân tích phả hệ với các loài tương ứng. | Định danh các loài nấm kí sinh và gây bệnh trên bệnh nhân nữ nhập viện ở Hải Dương bằng phương pháp so sánh chuỗi gen và phân tích phả hệ Tạp chí Công nghệ Sinh học 15(3): 423-432, 2017 ĐỊNH DANH CÁC LOÀI NẤM KÍ SINH VÀ GÂY BỆNH TRÊN BỆNH NHÂN NỮ NHẬP VIỆN Ở HẢI DƯƠNG BẰNG PHƯƠNG PHÁP SO SÁNH CHUỖI GEN VÀ PHÂN TÍCH PHẢ HỆ Nguyễn Xuân Huy1, Trần Văn Thanh2, Lê Thanh Hòa3,4, * 1 Bệnh viện Phụ sản Hải Dương 2 Bệnh viện Châm cứu Trung ương 3 Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam 4 Học viện Khoa học và Công nghệ, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam * Người chịu trách nhiệm liên lạc. E-mail: imibtvn@ Ngày nhận bài: Ngày nhận đăng: TÓM TẮT Sử dụng phương pháp “mã vạch” DNA (DNA-barcoding), 36 chuỗi nucleotide vùng giao gen ITS (internal transcribed spacer) từ 43 mẫu bệnh phẩm nuôi cấy nấm đơn bào của bệnh nhân nữ nhập viện ở Hải Dương đã được thu nhận và phân tích so sánh với các chủng tham chiếu quốc tế. Chuỗi ITS có độ dài khác nhau tùy từng loài (0,5 – 1,2 kb) thu thập bằng phản ứng PCR và giải trình tự (cặp mồi ITS1F/ITS4R), được sử dụng để truy cập Ngân hàng gen và xác định loài dựa trên so sánh chuỗi và phân tích phả hệ với các loài tương ứng. Kết quả cho thấy, trong số 36 mẫu thực hiện thành công giám định loài, có 29 mẫu được xác định thuộc chi Candida, trong đó 13 mẫu là loài Candida albicans, 2 mẫu là C. tropicalis, 3 mẫu là C. metapsilosis, 8 mẫu là C. glabrata, 2 mẫu là C. etchellsii và một mẫu chỉ được định danh là Candida sp. Ngoài ra, 7 mẫu còn lại gồm 2 mẫu thuộc loài Pichia kudriavzevii và Pichia norvegensis; và một số loài ít gặp khác: i) Kodamaea ohmeri; ii) Fereydounia khargensis; iii) Debaryomyces sp. (có thể là loài Debaryomyces subglobosus); iv) Hanseniaspora sp. (có thể là loài Hanseniaspora opuntiae); và v) Penicillium citrinum, với mức độ đồng nhất rất cao (99-100%). Cây phả hệ chủng/loài Candida của Việt Nam và thế
đang nạp các trang xem trước
