Kinh doanh - Marketing
Kinh tế quản lý
Biểu mẫu - Văn bản
Tài chính - Ngân hàng
Công nghệ thông tin
Tiếng anh ngoại ngữ
Kĩ thuật công nghệ
Khoa học tự nhiên
Khoa học xã hội
Văn hóa nghệ thuật
Sức khỏe - Y tế
Văn bản luật
Nông Lâm Ngư
Kỹ năng mềm
Luận văn - Báo cáo
Giải trí - Thư giãn
Tài liệu phổ thông
Văn mẫu
Tài liệu HOT
Tìm
Danh mục
Kinh doanh - Marketing
Kinh tế quản lý
Biểu mẫu - Văn bản
Tài chính - Ngân hàng
Công nghệ thông tin
Tiếng anh ngoại ngữ
Kĩ thuật công nghệ
Khoa học tự nhiên
Khoa học xã hội
Văn hóa nghệ thuật
Y tế sức khỏe
Văn bản luật
Nông lâm ngư
Kĩ năng mềm
Luận văn - Báo cáo
Giải trí - Thư giãn
Tài liệu phổ thông
Văn mẫu
Thông tin
Điều khoản sử dụng
Quy định bảo mật
Quy chế hoạt động
Chính sách bản quyền
0
Trang chủ
Khoa Học Tự Nhiên
Sinh học
Evaluation of genome scaffolding tools using pooled clone sequencing
TAILIEUCHUNG - Evaluation of genome scaffolding tools using pooled clone sequencing
DNA sequencing technologies hold great promise in generating information that will guide scientists to understand how the genome affects human health and organismal evolution. The process of generating raw genome sequence data becomes cheaper and faster, but more error-prone. | Turkish Journal of Biology Research Article Turk J Biol (2018) 42: 471-476 © TÜBİTAK doi: Evaluation of genome scaffolding tools using pooled clone sequencing Elif DAL , Can ALKAN* Department of Computer Engineering, Faculty of Engineering, Bilkent University, Ankara, Turkey Received: Accepted/Published Online: Final Version: Abstract: DNA sequencing technologies hold great promise in generating information that will guide scientists to understand how the genome affects human health and organismal evolution. The process of generating raw genome sequence data becomes cheaper and faster, but more error-prone. Assembly of such data into high-quality finished genome sequences remains challenging. Many genome assembly tools are available, but they differ in terms of their performance and their final output. More importantly, it remains largely unclear how to best assess the quality of assembled genome sequences. Here we evaluate the accuracies of several genome scaffolding algorithms using two different types of data generated from the genome of the same human individual: whole genome shotgun sequencing (WGS) and pooled clone sequencing (PCS). We observe that it is possible to obtain better assemblies if PCS data are used, compared to using only WGS data. However, the current scaffolding algorithms are developed only for WGS, and PCS-aware scaffolding algorithms remain an open problem. Key words: Genome assembly and scaffolding, high-throughput sequencing, pooled clone sequencing, systems biology 1. Introduction Completion of the Human Genome Project (HGP) was one of the greatest achievements in all life sciences research (International Human Genome Sequencing Consortium, 2004). The HGP was started in 1990, and thanks to the innovations in automated genome sequencing technologies, the human genome was completed in 2004. Today, >97% of the human genome is finished and .
Quế Thu
74
6
pdf
Báo lỗi
Trùng lắp nội dung
Văn hóa đồi trụy
Phản động
Bản quyền
File lỗi
Khác
Upload
Tải xuống
đang nạp các trang xem trước
Bấm vào đây để xem trước nội dung
Tải xuống
TÀI LIỆU LIÊN QUAN
WiseScaffolder: An algorithm for the semi-automatic scaffolding of Next Generation Sequencing data
13
54
1
Evaluation of genome scaffolding tools using pooled clone sequencing
6
65
0
InstaGRAAL: Chromosome-level quality scaffolding of genomes using a proximity ligation-based scaffolder
22
43
1
Tigmint: Correcting assembly errors using linked reads from large molecules
10
45
1
MaGuS: A tool for quality assessment and scaffolding of genome assemblies with Whole Genome Profiling™ Data
9
42
1
Single molecule sequencing-guided scaffolding and correction of draft assemblies
9
18
1
BESST - Efficient scaffolding of large fragmented assemblies
11
27
1
RaGOO: Fast and accurate reference-guided scaffolding of draft genomes
17
20
3
P_RNA_scaffolder: A fast and accurate genome scaffolder using paired-end RNAsequencing reads
13
33
1
SSPACE-LongRead: Scaffolding bacterial draft genomes using long read sequence information
9
22
1
TÀI LIỆU XEM NHIỀU
Một Case Về Hematology (1)
8
461859
55
Giới thiệu :Lập trình mã nguồn mở
14
22608
59
Tiểu luận: Tư tưởng Hồ Chí Minh về xây dựng nhà nước trong sạch vững mạnh
13
10882
529
Câu hỏi và đáp án bài tập tình huống Quản trị học
14
10055
445
Phân tích và làm rõ ý kiến sau: “Bài thơ Tự tình II vừa nói lên bi kịch duyên phận vừa cho thấy khát vọng sống, khát vọng hạnh phúc của Hồ Xuân Hương”
3
9514
104
Ebook Facts and Figures – Basic reading practice: Phần 1 – Đặng Tuấn Anh (Dịch)
249
8273
1124
Tiểu luận: Nội dung tư tưởng Hồ Chí Minh về đạo đức
16
8225
423
Mẫu đơn thông tin ứng viên ngân hàng VIB
8
7863
2220
Đề tài: Dự án kinh doanh thời trang quần áo nữ
17
6669
253
Vật lý hạt cơ bản (1)
29
5766
85
TỪ KHÓA LIÊN QUAN
Sinh học
Genome assembly and scaffolding
High throughput sequencing
Pooled clone sequencing
Systems biology
Organismal evolution
BMC Bioinformatics
Next generation sequencing
Genome assembly
Genome finishing
Genome scaffolding
Marine Synechococcus
Genome Biology
Hi C scaffolding
Desmarestia herbacea
DNA sequencing technologies
Assembly correction
Genome sequence assembly
Linked reads
Genome map
Whole genome profiling
Genome assembly process
Fragmented assemblies
BMC Genomics
Genome improvement
Single molecule sequencing
Sequence assembly
Genome analysis
Mate pair next generation sequencing
Assembly pipeline
Genome alignment
Long read sequencing
RaGOO identifies structural variants
RNA sequencing
De novo assembly
Pacific biosciences
Repeat rich eukaryotic genomes
Significant challenge in genomics
High quality assembly
Microbial genomes increasingly feasible
Scaffolding algorithm
Third generation sequencing technologies
TÀI LIỆU MỚI ĐĂNG
Giáo án mầm non chương trình đổi mới: Đề tài: Ôn xác định vị trí trên – dưới, trước- sau của đối tượng khác.
8
352
3
24-04-2024
Bơm máy nén quạt trong công nghệ part 1
20
249
2
24-04-2024
extremetech Hacking Firefox phần 7
46
187
0
24-04-2024
The profit magic of stock Timing The Markets_5
22
119
0
24-04-2024
Đề tài: Tìm hiểu một số yêu cầu đặt ra với một phòng thu âm, để đảm bảo chất lượng âm thanh trong sản phẩm đa phương tiện
8
159
1
24-04-2024
Giáo trình CẤU TRÚC DỮ LIỆU VÀ GIẢI THUẬT - Chương 1
5
124
0
24-04-2024
Data Structures and Algorithms - Chapter 9: Hashing
54
113
0
24-04-2024
Giáo trình tổng quan khoa học thông tin và thư viện part 7
22
143
2
24-04-2024
Fecal Incontinence Diagnosis and Treatment - part 8
35
101
0
24-04-2024
A Practical Guide for Health Researchers - part 7
24
107
0
24-04-2024
TÀI LIỆU HOT
Mẫu đơn thông tin ứng viên ngân hàng VIB
8
7863
2220
Giáo trình Tư tưởng Hồ Chí Minh - Mạch Quang Thắng (Dành cho bậc ĐH - Không chuyên ngành Lý luận chính trị)
152
5688
1350
Ebook Chào con ba mẹ đã sẵn sàng
112
3764
1231
Ebook Tuyển tập đề bài và bài văn nghị luận xã hội: Phần 1
62
5310
1135
Ebook Facts and Figures – Basic reading practice: Phần 1 – Đặng Tuấn Anh (Dịch)
249
8273
1124
Giáo trình Văn hóa kinh doanh - PGS.TS. Dương Thị Liễu
561
3489
642
Tiểu luận: Tư tưởng Hồ Chí Minh về xây dựng nhà nước trong sạch vững mạnh
13
10882
529
Giáo trình Sinh lí học trẻ em: Phần 1 - TS Lê Thanh Vân
122
3679
525
Giáo trình Pháp luật đại cương: Phần 1 - NXB ĐH Sư Phạm
274
4041
514
Bài tập nhóm quản lý dự án: Dự án xây dựng quán cafe
35
4122
480
Đã phát hiện trình chặn quảng cáo AdBlock
Trang web này phụ thuộc vào doanh thu từ số lần hiển thị quảng cáo để tồn tại. Vui lòng tắt trình chặn quảng cáo của bạn hoặc tạm dừng tính năng chặn quảng cáo cho trang web này.