TAILIEUCHUNG - Báo cáo khoa học: So sánh cấu trúc protein sử dụng mô hình tổng quát

Báo cáo khoa học: So sánh cấu trúc protein sử dụng mô hình tổng quát trình bày phương pháp so sánh hai cấu trúc protein, thực hiện xếp chồng và rút ngắn khoảng cách giữa nguyên tử Carbon-α của các phần tử hai protein để tìm ra được mô hình tương đồng cao nhất của hai protein. | SO SÁNH CẤU TRÚC PROTEIN SỬ DỤNG MÔ HÌNH TỔNG QUÁT Văn Đình Vỹ Phương1, Phan Mạnh Thường1 , Trần Văn Lăng2 (1) Khoa Công nghệ thông tin, Trường Đại học Lạc Hồng (2) Viện Cơ học và Tin học ứng dụng, VAST {phuong,thuong}@, tvlang@ Tóm tắt. Bài viết trình bày phương pháp so sánh hai cấu trúc protein. Thực hiện xếp chồng và rút ngắn khoảng cách giữa nguyên tử Carbon-α của các phần tử hai protein để tìm ra được mô hình tương đồng cao nhất của hai protein. Nguồn protein thực hiện trong phương pháp được lấy từ ngân hàng protein thế giới - Protein Data Bank (PDB). Mặc dù có nhiều phương pháp thực hiện so sánh cấu trúc, nhưng vẫn còn nhiều vấn đề cần nghiên cứu và mở rộng. Phương pháp được trình bày trong bài báo được mở rộng từ phương pháp Chimera. Phương pháp đưa ra được kết quả tối ưu hơn so với cách sắp xếp chồng đơn thuần. Tính toán sự trùng khớp từ việc xếp hàng cấu trúc, rút ngắn khoảng cách hai cấu trúc và tiến hành dịch chuyển, giúp cho việc thể hiện sự tương đồng của protein một cách chính xác hơn. Tuy nhiên, vẫn còn một số hạn chế gặp phải và chưa giải quyết được: xử lý định hướng chuỗi liên kết; so sánh nhiều cấu trúc protein tại một thời điểm. Từ khoá: cấu trúc protein, so sánh cấu trúc 1. Đặt vấn đề Protein đóng vai trò chính trong quá trình sinh học của động, thực vật. Với chuỗi trình tự amino acid giống nhau, nhưng sự liên kết phần tử, nếp gấp khác nhau sẽ tạo ra cấu trúc protein khác nhau, dẫn đến chức năng và cách thức hoạt động của protein đó cũng khác nhau. Việc dự đoán cấu trúc bậc 3 của protein để biết quy trình hoạt động, chức năng của protein vẫn là một thách thức lớn trong lĩnh vực sinh học tính toán. Có nhiều cách thức để tìm cấu trúc protein, bằng kỹ thuật thực nghiệm có phương pháp chụp xquang tinh thể, cộng hưởng từ hạt nhân, hoặc bằng các phương pháp dự đoán như Ab-Initio, mô hình hóa tương đồng. Phương pháp cộng hưởng từ hạt nhân (NMR) [1] được sử dụng để xác định cấu trúc và tính năng của các protein. Việc xác định cấu

• Báo cáo khoa học
• Báo cáo khoa học công nghệ
• Nghiên cứu khoa học
• Báo cáo nghiên cứu khoa học
• Báo cáo khoa học
• So sánh cấu trúc protein
• Cấu trúc protein
• Đề tài nghiên cứu khoa học
• Nghiên cứu công nghệ làm phân vi sinh
• Báo cáo nghiên cứu phân vi sinh
• Báo cáo công nghệ enzym
• Hoàn thiện công nghệ enzym
• Báo cáo khoa học và kỹ thuật
• Đề tài công nghệ vi sinh
• Báo cáo hoạt động năm 2012
• Báo cáo công nghệ Việt Nam
• Báo cáo hoạt động khoa học công nghệ
• Khoa học công nghệ Việt Nam
• Hoạt động khoa học công nghệ
• Báo cáo số 45 BC SKHCN
• Báo cáo Sở khoa học công nghệ
• Công tác quản lý công nghệ
• Văn bản Sở khoa học công nghệ
• Luật khoa học công nghệ
• Báo cáo số 22 BC SKHCN
• Nghiên cứu khoa học về môi trường
• Báo cáo công nghệ xử lý chất thải
• trình bày báo cáo
• tài liệu báo cáo khoa học
• cách trình bày báo cáo khoa học
• báo cáo khoa học kinh tế
• báo cáo khoa học toán học
• Báo cáo Hoạt động năm 2010
• Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam
• Hoạt động Viện khoa học 2011
• Hoạt động Viện khoa học 2010
• Báo cáo Khoa học và công nghệ
• Khoa học và công nghệ Việt Nam
• Định hướng phát triển khoa học công nghệ
• Giải pháp thực hiện khoa học công nghệ
• Hệ thống hoạt động khoa học công nghệ
• Khoa học và Công nghệ hạt nhân số 35
• Tạp chí khoa học công nghệ hạt nhân
• Báo cáo điện hạt nhân
• Khoa học và Công nghệ hạt nhân số 36
• Khoa học và Công nghệ hạt nhân số 38
• Khoa học và Công nghệ hạt nhân số 39
• Khoa học và Công nghệ hạt nhân số 37
• Khoa học và Công nghệ hạt nhân số 34
• Mẫu báo cáo
• Mẫu Báo cáo trích lập
• Báo cáo trích lập
• Báo cáo điều chuyển
• Báo cáo sử dụng quỹ
• Quỹ phát triển khoa học và công nghệ
• Hợp đồng nghiên cứu khoa học
• Hợp đồng dịch vụ thông tin khoa học
• Tiểu luận nghiên cứu khoa học
• Đề tài phát triển khoa học công nghệ
• báo cáo về văn học
• báo cáo triết học
• công nghiệp hóa
• hiện đại hóa
• Báo cáo quản lý chất thải sinh hoạt
• Báo cáo khoa học môi trường
• Nghiên cứu công nghệ phôi vô tính
• Báo cáo nghiên cứu nông nghiệp
• Báo cáo nghiên cứu khoa học công nghệ
• Kết quả nghiên cứu lúa lai
• Cây lương thực
• Cây thực phẩm
• Ứng dụng chỉ thị phân tử
• Chọn tạo giống lúa kháng bệnh đạo ôn
• báo cáo khoa học sinh học