TAILIEUCHUNG - Strand symmetry and nonrandom dna trimer arrangement in yeast saccharomyces cerevisiae chromosomes

In this study, we present the biased distribution of trimers and their respective reverse complements in the yeast local chromosomal sequences. We show that the chromosomal strand symmetry is the consequence of the equal distribution of trimers and their respective reverse complements in all intergenic sequences as well as in all sense and antisense sequences of chromosome, and that the arrangement of trimers in the sense and antisense sequences of chromosome shapes the codon usage in yeast. | TẠP CHÍ SINH HỌC, 2013, 35(2): 212-218 STRAND SYMMETRY AND NONRANDOM DNA TRIMER ARRANGEMENT IN YEAST SACCHAROMYCES CEREVISIAE CHROMOSOMES Phan Thi Huyen*, Nguyen Duc Luong Ho Chi Minh city University of Technology, VNU-HCM, *huyencnshbk@ ABSTRACT: According to the Chargaff’s second parity rule, the eukaryotic chromosomes have been reported to be strand symmetric. However, how the nucleotides are arranged in the chromosome and why the chromosomes possess this strand symmetric property have not been known. We found in Saccharomyces cerevisiae that although the frequencies of trimers and those of their respective reverse complements in the whole single stranded sequence of chromosome were almost equal, they were remarkably different in the local regions of chromosome. Results of investigation on trimer arrangement in the intergenic sequences as well as in the sense and antisense sequences of chromosome showed that the frequencies of trimers and those of their respective reverse complements in the intergenic sequences of chromosome were approximately the same, and that the trimer arrangement in the sense and antisense sequences of chromosome shaped the codon usage. The chromosomal strand symmetry is the consequence of the equal distribution of trimers and their respective reverse complements. Keywords: Saccharomyces cerevisiae, intergenic sequences, sense and antisense sequences, trimer, trimer reverse complement, codon usage. INTRODUCTION Among the eukaryotic organisms, Saccharomyces cerevisiae was chosen for its genome to be first sequenced completely in 1996 [7]. Since then, its chromosomal sequences have became a valuable resource for studying the DNA structure and DNA related biological processes in the eukaryotic cell. Structurally, the double-stranded DNA chromosomal sequence primarily interacts with histone proteins to form nucleosomes, creating the chromatin fiber. The nucleosome positioning along the yeast chromosomal sequences has been stated .

• Sinh học
• Tạp chí khoa học
• Tạp chí sinh học
• Saccharomyces cerevisiae
• Intergenic sequences
• Sense and antisense sequences
• Xứng đáng tạp chí khoa học
• Tạp chí khoa học chuyên ngành
• Tìm hiểu tạp chí khoa học
• Giới thiệu tạp chí khoa học
• Tài liệu tạp chí khoa học
• Chất lượng tạp chí khoa học
• Hoạt động nghiên cứu khoa học
• Phát triển Tạp chí khoa học
• Nâng cao chất lượng Tạp chí khoa học
• Chuyển đổi số tạp chí khoa học
• Mục lục Tạp chí
• Tổng Mục lục Tạp chí Khoa học xã hội Việt Nam
• Tổng Mục lục Tạp chí Khoa học xã hội
• Tạp chí Khoa học xã hội
• Tạp chí Khoa học xã hội Việt Nam
• Tạp chí khoa học Việt Nam
• Phản biện khoa học
• Phản biện xã hội
• Hệ thống tạp chí khoa học
• Thực trạng hệ thống tạp chí khoa học
• Ưu điểm hệ thống tạp chí khoa học
• Hệ thống tạp chí khoa học Việt Nam
• Ấn phẩm khoa học
• Hệ thống tạp chí
• Dữ liệu tạp chí Việt Nam
• Tạp chí Khoa học và Công nghệ
• Khoa học và Công nghệ Việt Nam
• Khoa học và Công nghệ Việt Nam năm 2020
• Tạp chí Khoa học và Công nghệ số 1+2A
• Startup Việt Nam
• Tạp chí Khoa học và Công nghệ số 3A
• Ứng dụng tế bào gốc
• Dữ liệu ảnh Landsat đa thời gian
• Tạp chí Khoa học và Công nghệ số 3B
• Địa tầng và địa mạo đảo Lý Sơn
• Cà phê hòa tan ở Việt Nam
• Tạp chí khoa học
• Bài báo khoa học
• Giải pháp xây dựng tạp chí khoa học
• Tiếu chí tạp chí khoa học theo tiêu chuẩn quốc tế
• Tiêu chuẩn quốc tế về tạp chí khoa học
• Phân loại tạp chí khoa học
• Phân loại tạp chí
• Mã số quốc tế
• Trang điện tử của tạp chí và sách
• Hội nhập quốc tế
• Các tạp chí khoa học ở Việt Nam
• Hội nhập quốc tế của các tạp chí
• Thực trạng hội nhập quốc tế tạp chí
• Tạp chí Khoa học Công nghệ Việt Nam
• Tổng mục lục tạp chí
• Tạp chí thông tin Khoa học xã hội
• Khoa học xã hội
• Tổng hợp tạp chí Khoa học xã hội 2016
• Tạp chí nghiên cứu và không gian khoa học
• Tạp chí nghiên cứu
• Không gian khoa học
• Nghiên cứu khoa học
• Đề tài nghiên cứu khoa học cấp trường
• Hệ thống phân loại tạp chí
• Tạp chí ISI
• Quản lý hoạt động của tạp chí
• Tạp chí Kinh tế đối ngoại
• Quản lý báo chí
• Hoạt động quản lý tạp chí khoa học
• Báo cáo luật sửa đổi bổ sung
• Báo cáo khoa học luật
• Báo cáo nghiên cứu khoa học
• Tạp chí khoa học luật
• Phát triển Học viện Ngân hàng
• Tạp chí Khoa học và Đào tạo Ngân hàng
• Thông tin Khoa học Ngân hàng
• Nâng cao chất lượng tạp chí
• Tạp chí khoa học và công nghệ số 4
• Tạp chí khoa học và công nghệ năm 2014
• Cấu trúc giếng lượng tử silicon
• Công thức khai triển nghiệm đa thức
• Cấu trúc giếng lượng tử
• Tiêu chuẩn quốc tế của tạp chí khoa học
• Tiêu chuẩn quốc tế của tạp chí
• Tiêu chuẩn quốc tế
• Viện Thông tin khoa học Mỹ
• Cơ sở dữ liệu
• Khoa học xã hội Việt Nam
• Tạp chí Việt Nam
• Nâng cao chất lượng tạp chí khoa học xã hội
• Tạp chí Khoa học Kỹ thuật
• Quản lý Tạp chí Khoa học Kỹ thuật
• Khoa học Kỹ thuật Mỏ Địa chất
• Công nghệ thông tin quản lý tạp chí
• Hệ thống tiện ích của Internet
• Tự động hóa quy trình quản lý
• Tạp chí Khoa học kỹ thuật Thú y
• Kỹ thuật Thú y
• Tạp chí Khoa học kỹ thuật Thú y số 3
• Tạp chí Khoa học kỹ thuật Thú y năm 2019
• Dịch tả lợn châu Phi
• Vi khuẩn Escherichia coli trên giống vịt biển
• Tạp chí Nghiên cứu và Phát triển
• Khoa học Tập chí
• Tạp chí phổ biến khoa học đầu tiên
• Ban biên tập
• Cộng tác viên
• Khoa học và Công nghệ
• Khoa học kỹ thuật
• Khoa học tự nhiên