TAILIEUCHUNG - báo cáo khoa học: " An overview of the Phalaenopsis orchid genome through BAC end sequence analysis"

Tuyển tập báo cáo các nghiên cứu khoa học quốc tế ngành y học dành cho các bạn tham khảo đề tài: An overview of the Phalaenopsis orchid genome through BAC end sequence analysis | Hsu et al. BMC Plant Biology 2011 11 3 http 1471-2229 11 3 BMC Plant Biology RESEARCH ARTICLE Open Access An overview of the Phalaenopsis orchid genome through BAC end sequence analysis 1 1 1 1 1 2 3 1 Chia-Chi Hsu Yu-Lin Chung Tien-Chih Chen Yu-Ling Lee Yi-Tzu Kuo Wen-Chieh Tsai Yu-Yun Hsiao Yun-Wen Chen1 Wen-Luan Wu1 2 3 Hong-Hwa Chen1 2 3 Abstract Background Phalaenopsis orchids are popular floral crops and development of new cultivars is economically important to floricultural industries worldwide. Analysis of orchid genes could facilitate orchid improvement. Bacterial artificial chromosome BAC end sequences BESs can provide the first glimpses into the sequence composition of a novel genome and can yield molecular markers for use in genetic mapping and breeding. Results We used two BAC libraries constructed using the BamHI and HindIII restriction enzymes of Phalaenopsis equestris to generate pair-end sequences from 2 920 BAC clones and from the BamHI and HindIII libraries respectively at a success rate of . A total of 5 535 BESs were generated representing Mb or about of the Phalaenopsis genome. The trimmed sequences ranged from 123 to 1 397 base pairs bp in size with an average edited read length of 821 bp. When these BESs were subjected to sequence homology searches it was found that 641 were predicted to represent protein-encoding regions whereas 1 272 contained repetitive DNA. Most of the repetitive DNA sequences were gypsy- and copia-like retrotransposons and respectively whereas only were DNA transposons. Further 950 potential simple sequence repeats SSRs were discovered. Dinucleotides were the most abundant repeat motifs AT TA dimer repeats were the most frequent SSRs representing 253 of all identified SSRs. Microsynteny analysis revealed that more BESs mapped to the whole-genome sequences of poplar than to those of grape or Arabidopsis and even fewer mapped to the rice genome. .

TÀI LIỆU LIÊN QUAN
TAILIEUCHUNG - Chia sẻ tài liệu không giới hạn
Địa chỉ : 444 Hoang Hoa Tham, Hanoi, Viet Nam
Website : tailieuchung.com
Email : tailieuchung20@gmail.com
Tailieuchung.com là thư viện tài liệu trực tuyến, nơi chia sẽ trao đổi hàng triệu tài liệu như luận văn đồ án, sách, giáo trình, đề thi.
Chúng tôi không chịu trách nhiệm liên quan đến các vấn đề bản quyền nội dung tài liệu được thành viên tự nguyện đăng tải lên, nếu phát hiện thấy tài liệu xấu hoặc tài liệu có bản quyền xin hãy email cho chúng tôi.
Đã phát hiện trình chặn quảng cáo AdBlock
Trang web này phụ thuộc vào doanh thu từ số lần hiển thị quảng cáo để tồn tại. Vui lòng tắt trình chặn quảng cáo của bạn hoặc tạm dừng tính năng chặn quảng cáo cho trang web này.