Đang chuẩn bị liên kết để tải về tài liệu:
Báo cáo sinh học: "Constructing majority-rule supertrees"

Đang chuẩn bị nút TẢI XUỐNG, xin hãy chờ

Tuyển tập các báo cáo nghiên cứu về sinh học được đăng trên tạp chí y học Molecular Biology cung cấp cho các bạn kiến thức về ngành sinh học đề tài: Constructing majority-rule supertrees. | Dong et al. Algorithms for Molecular Biology 2010 5 2 http www.almob.Org content 5 1 2 AMR ALGORITHMS FOR MOLECULAR BIOLOGY RESEARCH Open Access Constructing majority-rule supertrees Jianrong Dong1 David Fernandez-Baca1 FR McMorris2 Abstract Background Supertree methods combine the phylogenetic information from multiple partially-overlapping trees into a larger phylogenetic tree called a supertree. Several supertree construction methods have been proposed to date but most of these are not designed with any specific properties in mind. Recently Cotton and Wilkinson proposed extensions of the majority-rule consensus tree method to the supertree setting that inherit many of the appealing properties of the former. Results We study a variant of one of Cotton and Wilkinson s methods called majority-rule supertrees. After proving that a key underlying problem for constructing majority-rule supertrees is NP-hard we develop a polynomial-size exact integer linear programming formulation of the problem. We then present a data reduction heuristic that identifies smaller subproblems that can be solved independently. While this technique is not guaranteed to produce optimal solutions it can achieve substantial problem-size reduction. Finally we report on a computational study of our approach on various real data sets including the 121-taxon 7-tree Seabirds data set of Kennedy and Page. Conclusions The results indicate that our exact method is computationally feasible for moderately large inputs. For larger inputs our data reduction heuristic makes it feasible to tackle problems that are well beyond the range of the basic integer programming approach. Comparisons between the results obtained by our heuristic and exact solutions indicate that the heuristic produces good answers. Our results also suggest that the majority-rule approach in both its basic form and with data reduction yields biologically meaningful phylogenies. Background Introduction A supertree method begins with a

TÀI LIỆU LIÊN QUAN
TAILIEUCHUNG - Chia sẻ tài liệu không giới hạn
Địa chỉ : 444 Hoang Hoa Tham, Hanoi, Viet Nam
Website : tailieuchung.com
Email : tailieuchung20@gmail.com
Tailieuchung.com là thư viện tài liệu trực tuyến, nơi chia sẽ trao đổi hàng triệu tài liệu như luận văn đồ án, sách, giáo trình, đề thi.
Chúng tôi không chịu trách nhiệm liên quan đến các vấn đề bản quyền nội dung tài liệu được thành viên tự nguyện đăng tải lên, nếu phát hiện thấy tài liệu xấu hoặc tài liệu có bản quyền xin hãy email cho chúng tôi.
Đã phát hiện trình chặn quảng cáo AdBlock
Trang web này phụ thuộc vào doanh thu từ số lần hiển thị quảng cáo để tồn tại. Vui lòng tắt trình chặn quảng cáo của bạn hoặc tạm dừng tính năng chặn quảng cáo cho trang web này.