Đang chuẩn bị nút TẢI XUỐNG, xin hãy chờ
Tải xuống
U nguyên bào thần kinh (UNBTK) là dạng u đặc nguyên phát của mô thần kinh giao cảm, có nguồn gốc từ tế bào mào thần kinh, thường gặp nhất trong các loại ung thư ở trẻ em, chiếm 15% các trường hợp tử vong do ung thư ở trẻ em. Tối ưu hóa quy trình PCR khuếch đại toàn bộ 20 exon và vùng tiếp giáp exon-intron của gen ARID1A. | Làm giàu trình tự toàn bộ exon của gen ARID1A trong u nguyên bào thần kinh Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 20 * Số 1 * 2016 LÀM GIÀU TRÌNH TỰ TOÀN BỘ EXON CỦA GEN ARID1A TRONG U NGUYÊN BÀO THẦN KINH Lê Thị Kim Hòa*, Phạm Thị Hồng Đào*, Bùi Thị Thanh Huyền**, Nguyễn Thị Hà Giang***, Bùi Chí Bảo*** TÓM TẮT Giới thiệu: U nguyên bào thần kinh (UNBTK) là dạng u đặc nguyên phát của mô thần kinh giao cảm, có nguồn gốc từ tế bào mào thần kinh, thường gặp nhất trong các loại ung thư ở trẻ em, chiếm 15% các trường hợp tử vong do ung thư ở trẻ em. Gần đây, những nghiên cứu về giải trình tự gen thế hệ mới (high-throughput next generation sequencing) đã phát hiện các đột biến liên quan đến điều hòa ngoại di truyền trong ung thư trẻ em, đặc biệt là gen ARID1A ở UNBTK. ARID1A là một tiểu phần của phức hợp SWI/SNF tham gia điều hòa phiên mã gen thông qua thay đổi cấu trúc chromatin. Do đó, việc xây dựng quy trình giải trình tự gen thông qua làm giàu sản phẩm các exon ARID1A là cần thiết. Mục tiêu: Tối ưu hóa quy trình PCR khuếch đại toàn bộ 20 exon và vùng tiếp giáp exon-intron của gen ARID1A. Phương pháp: Khảo sát mồi in silico, khảo sát nhiệt độ bắt cặp, tối ưu hóa các điều kiện phản ứng PCR, kiểm chuẩn bằng phương pháp giải trình tự. Áp dụng quy trình khảo sát trên DNA được tách chiết từ máu nhóm đối chứng và từ khối u của 3 bệnh nhân UNBTK. Toàn bộ sản phẩm khuếch đại được xác định bằng kỹ thuật giải trình tự Sanger. Kết quả: Tối ưu được phản ứng PCR của các cặp mồi của 20 exon từ một phần exon 1 (1b) đến exon 20. Tuy nhiên, exon 1a chưa được tối ưu hóa thành công do sản phẩm gen chứa nhiều vùng giàu GC. Kết luận: Quy trình tối ưu hóa PCR thành công là bước đầu xây dựng quy trình giải trình toàn bộ exon của gen ARID1A thành công. Từ khóa: U nguyên bào thần kinh, làm giàu sản phẩm PCR, ARID1A. ABSTRACT TARGETED GENE ENRICHMENT FOR SEQUENCING OF ARID1A IN NEUROBLASTOMA Le Thi Kim Hoa, Pham Thi Hong Dao, .
