TAILIEUCHUNG - Phân loại gene mã hóa protein vận chuyển sử dụng các gene hàng xóm

Trong bài báo này tác giả đề xuất một phương pháp sử dụng dữ liệu sinh học để phân lớp các protein vận chuyển trên màng tế bào dựa vào cơ chất mà chúng vận chuyển. Dựa trên ý tưởng của các Operon, các tác giả sử dụng dữ liệu biểu hiện gene và các GO terms của các gene hàng xóm để tạo dữ liệu đầu vào cho máy vector hỗ trợ. | J. Sci. Devel. 2015 Vol. 13 No. 2 291-300 Tạp chí Khoa học và Phát triển 2015 tập 13 số 2 291-300 PHÂN LOẠI GENE MÃ HÓA PROTEIN VẬN CHUYỂN SỬ DỤNG CÁC GENE HÀNG XÓM Trần Vũ Hà Phạm Quang Dũng Nguyễn Thị Thảo Đoàn Thị Thu Hà Khoa Công nghệ thông tin Học viện Nông nghiệp Việt Nam Email tvha@ Ngày gửi bài Ngày chấp nhận TÓM TẮT Cũng giống như sự đa dạng sinh học trong tự nhiên có quá nhiều loại protein để chúng ta có thể miêu tả chức năng của chúng anotate bằng các thí nghiệm khoa học. Do đó các phương pháp để dự đoán chức năng của các protein trở nên cần thiết. Trong bài báo này chúng tôi đề xuất một phương pháp sử dụng dữ liệu sinh học để phân lớp các protein vận chuyển trên màng tế bào dựa vào cơ chất mà chúng vận chuyển. Dựa trên ý tưởng của các Operon chúng tôi sử dụng dữ liệu biểu hiện gene và các GO terms của các gene hàng xóm để tạo dữ liệu đầu vào cho máy vector hỗ trợ. Để nhanh chóng thu được kết quả chúng tôi tích hợp LIBSVM A Library for Support Vector Machines vào công cụ xử lý dữ liệu và sử dụng công cụ này để huấn luyện cũng như kiểm tra các bộ phân loại. Với công cụ này người dùng có thể phân loại các protein vận chuyển và cả các loại protein khác cho phép người dùng thêm dữ liệu của các sinh vật mới ngoài các sinh vật được sử dụng để thử nghiệm. Từ khóa Protein vận chuyển gene hàng xóm Gene Ontology. Classifying Genes Encode Transmembrane Proteins Using Neighboring Genes ABSTRACT Like bio-diversity there are too many proteins to experimentally annotate. Thus methods for predicting the functions of proteins become necessary. In this article we proposed a method that uses biological data to classify membrane transporters according to transported substrates. Motivated by the concept of Operons our method used expression data and GO terms of neighboring genes to create input data for support vector machine. To rapidly obtain the result we integrated LIBSVM in our tool then used this tool to train and test .

• Sinh học
• Protein vận chuyển
• Gene hàng xóm
• Gene Ontology
• Gene mã hóa
• Phân loại protein
• Dữ liệu cho SVM
• Gene mã hóa protein vận chuyển kim loại
• Vận chuyển kim loại
• Protein trao đổi cation
• Cây phả hệ
• Biểu hiện gene
• Đặc tính gene
• Phân lập gien mã hóa Protein
• Gien mã hóa Protein
• Protein vận chuyển Lipit
• Vận chuyển Lipit ở cây đậu xanh
• Giống đậu xanh ở địa phương
• Các họ gene mã hóa protein
• Protein vận chuyển kim loại
• Cây họ đậu
• Các gene mã hóa zinc iron permease
• Gene mã hóa protein vận chuyển đồng
• Manihot esculenta Crantz
• Xác định họ gen mã hóa protein
• Vận chuyển SWEET trên cây sắn
• Họ protein vận chuyển sucrose SWEET
• Họ SWEET trong hệ gen sắn
• Tạp chí khoa học
• Phân lập gen mã hóa protein vận chuyển lipit
• Phân lập gen mã hóa protein
• Cây đậu xanh
• Lipid Transfer Protein
• di chuyển trực
• công nghệ chuyển protein
• tổng hợp một peptid Runx 3
• tế bào động vật
• vận chuyển trực tiếp protein
• di chuyển trực tiếp
• Vận chuyển chất qua màng tế bào
• Màng tế bào
• Protein vận chuyển thụ động
• Protein vận chuyển tích cực
• Khuếch tán trung gian
• Tiếp nhận thông tin qua màng tế bào
• Vận chuyển sucrose
• Nhóm protein vận chuyển sucrose
• Cây Ceratopteris richardii
• Phát triển cây công trình
• Bảo vệ môi trường
• Sinh học phân tử
• Giáo trình sinh học
• Cấu trúc gen
• Chức năng gen
• Điều hòa biểu hiện gen
• Cấu trúc genome
• Cấu trúc protein
• Chức năng của protein
• Protein điều khiển
• CẤU TRÚC CỦA PROTEIN
• Cấu trúc hóa học
• hóa học của protein
• các loại protein
• Xúc tác sinh học
• Vận chuyển các chất
• Vận chuyển các chất qua màng tế bào
• Vận chuyển thụ động
• Khuếch tán qua kênh protein
• Điện thế nghỉ
• Vận chuyển chủ động
• Vận chuyển thuốc qua da
• Kỹ thuật điện di ion
• Đưa thuốc không xâm lấn
• Tăng vận chuyển thuốc qua da
• Vận chuyển protein/peptide
• Các chức năng của protein bao gồm tham gia vào các cấu trúc
• bảo vệ
• vận chuyển
• xúc tác
• miễn dịch
• điều hòa và vận chuyển
• Trong số những chức năng của các đại phân tử liệt kê ở trên
• vận chuyển protein
• quá trình dịch mã
• di truyền phân tử
• thuật ngữ di tuyền
• gen ung thư
• di truyền học
• chuyên đề sinh học
• tinh thể ribosome
• sự tổng hợp protein
• chuyển vận protein
• dịch mã
• vi khuẩn
• liên kết peptide
• Giáo trình Sinh học phân tử
• Tái tổ hợp di truyền
• ADN tái tổ hợp
• Vận chuyển protein trong tế bào
• Phân tách protein
• điện di
• Vận tốc di chuyển
• điện trường
• hệ số ma sát
• Nhiễm sắc thể
• Tổng hợp protein
• Kỹ thuật gen
• Phương pháp lai
• quang hợp
• vận chuyển e
• chất quinon
• coenzim Q
• vitamin K
• protein Fe S
• hệ quang hoá
• Bài giảng Miễn dịch Sinh lý bệnh
• Rối loạn chuyển hoá lipid
• Vận chuyển lipid trong máu
• Thoái hóa Lipid