TAILIEUCHUNG - Quản lý Ngân hàng dữ liệu Protein với DB2 pureXML

Giới thiệu PDB () là một kho lưu trữ dữ liệu cấu trúc về các phân tử sinh học, chủ yếu là các protein, có quy mô toàn cầu. PDB (Ngân hàng dữ liệu Protein) do một số tổ chức thành viên có trách nhiệm quản lý cho phép ký gửi, bảo trì, xử lý và cung cấp miễn phí dữ liệu sinh học này cho cộng đồng khoa học. Để tạo ra việc trao đổi dữ liệu linh hoạt, có khả năng mở rộng và dễ dàng, dữ liệu PDB có sẵn theo định dạng XML. Định dạng XML. | Quản lý Ngân hàng dữ liệu Protein với DB2 pureXML Giới thiệu PDB là một kho lưu trữ dữ liệu cấu trúc về các phân tử sinh học chủ yếu là các protein có quy mô toàn cầu. PDB Ngân hàng dữ liệu Protein do một số tổ chức thành viên có trách nhiệm quản lý cho phép ký gửi bảo trì xử lý và cung cấp miễn phí dữ liệu sinh học này cho cộng đồng khoa học. Để tạo ra việc trao đổi dữ liệu linh hoạt có khả năng mở rộng và dễ dàng dữ liệu PDB có sẵn theo định dạng XML. Định dạng XML này do một Lược đồ XML có tên là Protein Data Bank Markup Language PDBML - Ngôn ngữ đánh dấu của Ngân hàng dữ liệu Protein quy định. Thông tin cấu trúc gồm có các tọa độ 3-D của các nguyên tử của một hay nhiều phân tử mà một protein chứa chúng. Các tọa độ nguyên tử này cũng được gọi là cấu trúc 3-D hoặc cấu trúc cấp ba. Cấu trúc cấp ba của một protein gắn chặt với chức năng của nó. Vì vậy việc hiểu rõ cấu trúc cấp ba thường giúp hiểu rõ chức năng bên trong của protein. Ví dụ cấu trúc cấp ba có thể có ích để giải thích các bệnh tật hoặc phát triển các loại thuốc mới. Cấu trúc cấp ba cũng có thể được khai thác để tìm kiếm PDB với các tương tác giữa các protein. Về đầu trang Thách thức Tính đến tháng 12 năm 2010 kho lưu trữ của PDB đã lưu giữ mục các tài liệu XML với hơn 500 triệu tọa độ nguyên tử. Tổng dung lượng chưa nén là hơn 750 GB. Các tài liệu XML riêng lẻ trong PDB có dung lượng khác nhau từ một vài MB đến hơn 1 GB. Dựa trên sự tăng trưởng nhanh chóng của kho lưu trữ PDB trong những năm gần đây Hình 1 dự kiến dung lượng của PDB sẽ tiếp tục tăng lên đáng kể. Do đó việc tìm kiếm và phân tích thông tin này càng trở nên thách thức hơn. Hình 1. Tăng trưởng của PDB trong vòng 20 năm qua Một cách tiếp cận điển hình để phân tích dữ liệu PDB là viết một ứng dụng tùy chỉnh hoặc một tập kịch bản lệnh để tìm kiếm tài liệu PDBML cho một câu hỏi nghiên cứu rất cụ thể. Các nhược điểm của cách tiếp cận này có tính đến các thực tế sau Việc phát triển mã tùy chỉnh mỗi khi đang tiến hành nghiên cứu .

• Cơ sở dữ liệu
• Quản lý Ngân hàng dữ liệu Protein
• DB2 pureXML
• Giới thiệu PDB
• hệ quản trị cơ sở dữ liệu
• lập trình XML
• cơ sở dữ liệu nâng cao
• Bài giảng Cơ sở dữ liệu nâng cao
• Quản lý cơ sở dữ liệu
• Khôi phục cơ sở dữ liệu
• Cài đặt cơ sở dữ liệu
• Quản trị cơ sở dữ liệu
• Thiết kế cơ sở dữ liệu
• Lập trình cơ sở dữ liệu
• Thực hành Cơ sở dữ liệu
• Tài liệu Cơ sở dữ liệu nâng cao
• Cơ sở dữ liệu hướng đối tượng
• Thành phần CSDL hướng đối tượng
• Chuẩn CSDL hướng đối tượng
• Cơ sở dữ liệu quan hệ
• Quản trị cơ sở dữ liệu quan hệ
• Khái niệm PostgreSQL
• Tính năng của PostgreSQL
• Tiểu luận môn Cơ sở dữ liệu nâng cao
• Mã hóa cơ sở dữ liệu
• Mã hóa cơ sở dữ liệu Database Encryption
• Mô hình hoạt động Encryption algorithm
• Cơ sở dữ liệu
• Cơ sở dữ liệu phân tán
• Lập trình PL/SQL
• Toàn vẹn dữ liệu
• Dữ liệu active
• Khái niệm trigger
• Mô hình phân tán dữ liệu
• Các kiểu phân đoạn dữ liệu
• Cơ sở dữ liệu suy diễn
• Mô hình cơ sở dữ liệu mờ
• Mô hình dữ liệu
• Chức năng của HQTCSDL
• Mô hình hóa dữ liệu
• Mô hình quan hệ
• Mở rộng mô hình quan hệ
• Mô hình đối tượng
• Cách sử dụng logic
• Câu truy vấn đệ quy
• Hình thức hóa câu truy vấn đệ quy
• Luật không đệ qui
• Suy diễn với luật đệ qui
• Các khía cạnh của Datalog
• Bất động của các phương trình Datalog
• Tổng quan về CSDL phân tán
• Hệ thống thông tin
• Hệ cơ sở dữ liệu phân tán
• Tối ưu truy vấn phân tán
• Phân rã truy vấn
• Xử lý truy vấn
• Phương pháp thiết kế Cơ sở dữ liệu
• Đặc điểm chính của hệ phân tán
• Đề cương môn Cơ sở dữ liệu nâng cao
• Thiết kế cơ sở dữ liệu ở mức logic
• Chuẩn hóa dữ liệu
• Các giai đoạn thiết kế dữ liệu
• Quá trình thiết kế một cơ sở dữ liệu
• Truy xuất dữ liệu
• Lệnh SQL cơ bản
• Xen dữ liệu
• Xóa dữ liệu
• Cập nhật dữ liệu
• Quản trị hệ thống cơ sở dữ liệu nâng cao
• Giáo trình Quản trị hệ thống cơ sở dữ liệu
• Hệ thống cơ sở dữ liệu
• Ràng buộc dữ liệu
• Thiết kế CSDL phân tán
• Thiết kế phân tán
• Phân mảnh dữ liệu
• Cách gọi hàm member
• Trích lọc dữ liệu
• Creating databases
• Database files
• Disaster recovery
• Disaster recovery planning
• Restore strategy