TAILIEUCHUNG - Báo cáo y học: " Microenvironmental genomic alterations reveal signaling networks for head and neck squamous cell carcinoma"

Tuyển tập các báo cáo nghiên cứu về y học được đăng trên tạp chí y học Wertheim cung cấp cho các bạn kiến thức về ngành y đề tài: Microenvironmental genomic alterations reveal signaling networks for head and neck squamous cell carcinoma. | Bebek et al. Journal of Clinical Bioinformatics 2011 1 21 http content 1 1 21 JOURNAL OF CLINICAL BIOINFORMATICS RESEARCH Open Access Microenvironmental genomic alterations reveal signaling networks for head and neck squamous cell carcinoma Gurkan Bebek1 3 4 Mohammed Orloff1 2 and Charis Eng1 2 4 5 Abstract Background Advanced stage head and neck squamous cell carcinoma HNSCC is an aggressive cancer with low survival rates. Loss-of-heterozygosity allelic imbalance LOH AI analysis has been widely used to identify genomic alterations in solid tumors and the tumor microenvironment stroma . We hypothesize that these identified alterations can point to signaling networks functioning in HNSCC epithelial-tumor and surrounding stroma tumor microenvironment . Results Under the assumption that genes in proximity to identified LOH AI regions are correlated with the tumorigenic phenotype we mined publicly available biological information to identify pathway segments signaling proteins connected to each other in a network and identify the role of tumor microenvironment in HNSCC. Across both neoplastic epithelial cells and the surrounding stromal cells genetic alterations in HNSCC were successfully identified and 75 markers were observed to have significantly different LOH AI frequencies in these compartments p . We applied a network identification approach to the genes in proximity to these 75 markers in cancer epithelium and stroma in order to identify biological networks that can describe functional associations amongst these marker-associated genes. Conclusions We verified the involvement of T-cell receptor signaling pathways in HNSCC as well as associated oncogenes such as LCK and PLCB1 and tumor suppressors such as STAT5A PTPN6 PARK2. We identified expression levels of genes within significant LOH AI regions specific to stroma networks that correlate with better outcome in radiation therapy. By integrating various levels of high-throughput

TỪ KHÓA LIÊN QUAN
TAILIEUCHUNG - Chia sẻ tài liệu không giới hạn
Địa chỉ : 444 Hoang Hoa Tham, Hanoi, Viet Nam
Website : tailieuchung.com
Email : tailieuchung20@gmail.com
Tailieuchung.com là thư viện tài liệu trực tuyến, nơi chia sẽ trao đổi hàng triệu tài liệu như luận văn đồ án, sách, giáo trình, đề thi.
Chúng tôi không chịu trách nhiệm liên quan đến các vấn đề bản quyền nội dung tài liệu được thành viên tự nguyện đăng tải lên, nếu phát hiện thấy tài liệu xấu hoặc tài liệu có bản quyền xin hãy email cho chúng tôi.
Đã phát hiện trình chặn quảng cáo AdBlock
Trang web này phụ thuộc vào doanh thu từ số lần hiển thị quảng cáo để tồn tại. Vui lòng tắt trình chặn quảng cáo của bạn hoặc tạm dừng tính năng chặn quảng cáo cho trang web này.