TAILIEUCHUNG - Báo cáo y học: "HIV-1 V3 envelope deep sequencing for clinical plasma specimens failing in phenotypic tropism assays"

HIV-1 V3 envelope deep sequencing for clinical plasma specimens failing in phenotypic tropism assays | Vandenbroucke et al. AIDS Research and Therapy 2010 7 4 http content 7 1 4 AIDS RESEARCH AND THERAPY RESEARCH Open Access HIV-1 V3 envelope deep sequencing for clinical plasma specimens failing in phenotypic tropism assays 1 1 1 1 11 Ina Vandenbroucke Herwig Van Marck Wendy Mostmans Veerle Van Eygen Evelien Rondelez Kim Thys 1 r- 3 r y4 lA it4 CI M xr 5 Kurt Van Baelen Katrien Fransen Dolores Vaira Kabamba Kabeya Stephane De Wit Eric Florence Michel Moutschen3 Linos Vandekerckhove6 7 Chris Verhofstede6 Lieven J Stuyver 1 Abstract Background HIV-1 infected patients for whom standard gp160 phenotypic tropism testing failed are currently excluded from co-receptor antagonist treatment. To provide patients with maximal treatment options massively parallel sequencing of the envelope V3 domain in combination with tropism prediction tools was evaluated as an alternative tropism determination strategy. Plasma samples from twelve HIV-1 infected individuals with failing phenotyping results were available. The samples were submitted to massive parallel sequencing and to confirmatory recombinant phenotyping using a fraction of the gp120 domain. Results A cut-off for sequence reads interpretation of 5 to10 times the sequencing error rate was implemented. On average each sample contained 7 different V3 haplotypes. V3 haplotypes were submitted to tropism prediction algorithms and 4 14 samples returned with presence of a dual mixed D M tropic virus respectively at 3 10 11 and 95 of the viral quasispecies. V3 tropism prediction was confirmed by gp120 phenotyping except for two out of 4 D M predicted viruses with 3 and 95 which were phenotypically R5-tropic. In the first case the result was discordant due to the limit of detection for the phenotyping technology while in the latter case the prediction algorithms were not computing the viral tropism correctly. Conclusions Although only demonstrated on a limited set of samples the potential of the combined use

• Báo cáo khoa học
• trình bày báo cáo
• tài liệu báo cáo khoa học
• báo cáo y học
• kiến thức y học
• nghiên cứu y học
• CÁCH TRÌNH BÀY BÁO CÁO
• PHƯƠNG PHÁP TRÌNH BÀY BÁO CÁO
• KĨ NĂNG TRÌNH BÀY BÁO CÁO
• MẸO TRÌNH BÁY BÁO CÁO
• TRÌNH BÀY BÁO CÁO KHOA HỌC
• TRÌNH BÀY LUẬN VĂN BÁO CÁO
• Hình thức báo cáo thực tập
• Báo cáo thực tập tốt nghiệp
• Báo cáo thực tập
• Trình bày báo cáo thực tập
• Hướng dẫn trình bày báo cáo
• Hướng dẫn viết báo cáo
• Mẫu báo cáo
• Cách trình bày luận văn
• Cách trình bày khóa luận
• Thể thức của báo cáo
• trình bày luận văn
• báo cáo nông nghiệp
• báo cáo y dược
• báo cáo sinh học
• chăn nuôi lợn
• Kỹ năng trình bày báo cáo
• Kỹ năng thuyết trình
• Thiết kế slide
• Định dạng văn bản
• Nội dung trình bày báo cáo
• Thời gian thuyết trình
• Thực tập chuyên ngành
• Hướng dẫn viết tiểu luận
• Cấu trúc báo cáo
• Cách thể hiện báo cáo
• Nội dung báo cáo
• cách trình bày báo cáo khoa học
• báo cáo khoa học sinh học
• báo cáo khoa học toán học
• tài liệu báo cáo nghiện cứu khoa học
• báo cáo ngành văn học
• báo cáo tiếng anh
• báo cáo khoa học
• thơ lục bát
• chăn nuôi
• báo cáo ngành kỹ thuật
• báo cáo ngành nông nghiệp
• báo cáo ngành ngoại ngữ
• báo cáo kinh tế
• báo cáo ngành tin học
• tài liệu báo cáo nghiên cứu khoa học
• báo cáo ngành y học
• trình bày thông tin tài sản thiếu trong báo cáo tài chính
• trình bày thông tin tài sản
• trình bày thông tin tài sản trong báo cáo tài chính doanh nghiệp
• phân tích tài chính
• tài chính doanh nghiệp
• phân tích tài chính doanh nghiệp
• báo cáo tài chính
• Tài liệu về trình bày đồ án
• Trình bày đồ án tốt nghiệp
• Quy định trình bày báo cáo cáo chuyên đề
• Quy định trình bày bài tập lớn
• Viện Đại học Mở Hà Nội
• mẫu báo cáo thực tập tốt nghiệp
• trình bày luận án
• cách viết báo cáo tốt nghiệp
• báo cáo tốt nghiệp
• Báo cáo phân tích ngành hàng hải
• báo cáo khoa học kinh tế
• báo cáo kỹ thuật