TAILIEUCHUNG - Báo cáo y học: " MM-ChIP enables integrative analysis of cross-platform and between-laboratory ChIP-chip or ChIP-seq data"

Tuyển tập các báo cáo nghiên cứu về y học được đăng trên tạp chí y học Wertheim cung cấp cho các bạn kiến thức về ngành y đề tài: MM-ChIP enables integrative analysis of cross-platform and between-laboratory ChIP-chip or ChIP-seq data. | Chen et al. Genome Biology 2011 12 R11 http content 12 2 R11 Genome Biology METHOD Open Access MM-ChIP enables integrative analysis of cross-platform and between-laboratory ChIP-chip or ChIP-seq data 1 1 T- . . 1 23 4 1 Yiwen Chen Clifford A Meyer Tao Liu Wei Li Jun S Liu Xiaole Shirley Liu Abstract The ChIP-chip and ChIP-seq techniques enable genome-wide mapping of in vivo protein-DNA interactions and chromatin states. The cross-platform and between-laboratory variation poses a challenge to the comparison and integration of results from different ChIP experiments. We describe a novel method MM-ChIP which integrates information from cross-platform and between-laboratory ChIP-chip or ChIP-seq datasets. It improves both the sensitivity and the specificity of detecting ChIP-enriched regions and is a useful meta-analysis tool for driving discoveries from multiple data sources. Background Chromatin immunoprecipitation ChIP followed by array hybridization ChIP-chip and ChIP followed by massively parallel sequencing ChIP-seq are two powerful techniques for profiling in vivo DNA-protein interactions 1 2 and histone marks on a genome-wide scale 3 4 . The genome-scale data generated by these two technologies provide information essential to our understanding of the transcriptional regulation underlying various cellular processes. ChIP-chip seq experiments are often performed on different technical platforms in different labs. Even ChIP-chip seq data for the same protein under similar biological conditions can show significant variation between laboratories and across platforms due to differences in ChIP experimental protocols and platform designs 5 . Such variation can lead to platform- or labspecific false positives negatives making it difficult to compare and integrate results from different ChIP experiments despite the development of computational methods for analyzing ChIP data from individual sources separately 6-14 . To address this challenge we have

TỪ KHÓA LIÊN QUAN
TAILIEUCHUNG - Chia sẻ tài liệu không giới hạn
Địa chỉ : 444 Hoang Hoa Tham, Hanoi, Viet Nam
Website : tailieuchung.com
Email : tailieuchung20@gmail.com
Tailieuchung.com là thư viện tài liệu trực tuyến, nơi chia sẽ trao đổi hàng triệu tài liệu như luận văn đồ án, sách, giáo trình, đề thi.
Chúng tôi không chịu trách nhiệm liên quan đến các vấn đề bản quyền nội dung tài liệu được thành viên tự nguyện đăng tải lên, nếu phát hiện thấy tài liệu xấu hoặc tài liệu có bản quyền xin hãy email cho chúng tôi.
Đã phát hiện trình chặn quảng cáo AdBlock
Trang web này phụ thuộc vào doanh thu từ số lần hiển thị quảng cáo để tồn tại. Vui lòng tắt trình chặn quảng cáo của bạn hoặc tạm dừng tính năng chặn quảng cáo cho trang web này.