TAILIEUCHUNG - Báo cáo y học: " ZINBA integrates local covariates with DNA-seq data to identify broad and narrow regions of enrichment, even within amplified genomic region"

Tuyển tập các báo cáo nghiên cứu về y học được đăng trên tạp chí y học Wertheim cung cấp cho các bạn kiến thức về ngành y đề tài: ZINBA integrates local covariates with DNA-seq data to identify broad and narrow regions of enrichment, even within amplified genomic regions. | Rashid et al. Genome Biology 2011 12 R67 http 2011 12 7 R67 Genome Biology METHOD Open Access ZINBA integrates local eovariates with DNA-seq data to identify broad and narrow regions of enrichment even within amplified genomic regions Naim U Rashid1 Paul G Giresi2 Joseph G Ibrahim1 Wei Sun1 3 and Jason D Lieb2 Abstract ZINBA Zero-Inflated Negative Binomial Algorithm identifies genomic regions enriched in a variety of ChIP-seq and related next-generation sequencing experiments DNA-seq calling both broad and narrow modes of enrichment across a range of signal-to-noise ratios. ZINBA models and accounts for factors that co-vary with background or experimental signal such as G C content and identifies enrichment in genomes with complex local copy number variations. ZINBA provides a single unified framework for analyzing DNA-seq experiments in challenging genomic contexts. Software website http p zinba Background Next generation sequencing NGS technologies are now routinely utilized for genome-wide detection of DNA fragments isolated by a diverse set of assays interrogating genomic processes 1 . We refer to these collectively as DNA-seq experiments which include chromatin immunoprecipitation ChIP-seq DNase hypersensitive site mapping DNase-seq 2 and formaldehyde-assisted isolation of regulatory elements FAIRE-seq 3 among others. Several algorithms are currently available for the identification of genomic regions enriched by a given experiment. Although each is well suited for the analysis of a particular intended data type the underlying assumptions are not always suitable for the multitude of possible enrichment patterns found in DNA-seq datasets 4 . An algorithm capable of robust detection of enrichment across a multitude of enrichment patterns with performance comparable to the existing set of algorithms specific to each data type would have high utility. For example regions of ChIP-seq enrichment for transcription factors 5-16 .

TỪ KHÓA LIÊN QUAN
TAILIEUCHUNG - Chia sẻ tài liệu không giới hạn
Địa chỉ : 444 Hoang Hoa Tham, Hanoi, Viet Nam
Website : tailieuchung.com
Email : tailieuchung20@gmail.com
Tailieuchung.com là thư viện tài liệu trực tuyến, nơi chia sẽ trao đổi hàng triệu tài liệu như luận văn đồ án, sách, giáo trình, đề thi.
Chúng tôi không chịu trách nhiệm liên quan đến các vấn đề bản quyền nội dung tài liệu được thành viên tự nguyện đăng tải lên, nếu phát hiện thấy tài liệu xấu hoặc tài liệu có bản quyền xin hãy email cho chúng tôi.
Đã phát hiện trình chặn quảng cáo AdBlock
Trang web này phụ thuộc vào doanh thu từ số lần hiển thị quảng cáo để tồn tại. Vui lòng tắt trình chặn quảng cáo của bạn hoặc tạm dừng tính năng chặn quảng cáo cho trang web này.