TAILIEUCHUNG - Báo cáo y học: "An environmental signature for 323 microbial genomes based on codon adaptation indices"

Tuyển tập các báo cáo nghiên cứu về y học được đăng trên tạp chí y học Minireview cung cấp cho các bạn kiến thức về ngành y đề tài: An environmental signature for 323 microbial genomes based on codon adaptation indices. | Open Access Research An environmental signature for 323 microbial genomes based on codon adaptation indices Hanni Willenbrock Carsten Friis Agnieszka S Juncker and David W Ussery Address Center for Biological Sequence Analysis BioCentrum-DTU The Technical University of Denmark DK-2800 Lyngby Denmark. Correspondence David W Ussery. Email Dave@ Published 07 December 2006 Received 28 July 2006 Revised 20 September 2006 Genome Biology 2006 7 R1 14 doi gb-2006-7-12-r114 gy g Accepted 7 December 2006 The electronic version of this article is the complete one and can be found online at http 2006 7 12 R1 14 2006 Willenbrock et al. licensee BioMed Central Ltd. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License http licenses by which permits unrestricted use distribution and reproduction in any medium provided the original work is properly cited. Abstract Background Codon adaptation indices CAIs represent an evolutionary strategy to modulate gene expression and have widely been used to predict potentially highly expressed genes within microbial genomes. Here we evaluate and compare two very different methods for estimating CAI values one corresponding to translational codon usage bias and the second obtained mathematically by searching for the most dominant codon bias. Results The level of correlation between these two CAI methods is a simple and intuitive measure of the degree of translational bias in an organism and from this we confirm that fast replicating bacteria are more likely to have a dominant translational codon usage bias than are slow replicating bacteria and that this translational codon usage bias may be used for prediction of highly expressed genes. By analyzing more than 300 bacterial genomes as well as five fungal genomes we show that codon usage preference provides an environmental signature by which it is possible to group bacteria according to

TỪ KHÓA LIÊN QUAN
TAILIEUCHUNG - Chia sẻ tài liệu không giới hạn
Địa chỉ : 444 Hoang Hoa Tham, Hanoi, Viet Nam
Website : tailieuchung.com
Email : tailieuchung20@gmail.com
Tailieuchung.com là thư viện tài liệu trực tuyến, nơi chia sẽ trao đổi hàng triệu tài liệu như luận văn đồ án, sách, giáo trình, đề thi.
Chúng tôi không chịu trách nhiệm liên quan đến các vấn đề bản quyền nội dung tài liệu được thành viên tự nguyện đăng tải lên, nếu phát hiện thấy tài liệu xấu hoặc tài liệu có bản quyền xin hãy email cho chúng tôi.
Đã phát hiện trình chặn quảng cáo AdBlock
Trang web này phụ thuộc vào doanh thu từ số lần hiển thị quảng cáo để tồn tại. Vui lòng tắt trình chặn quảng cáo của bạn hoặc tạm dừng tính năng chặn quảng cáo cho trang web này.