TAILIEUCHUNG - Giới thiệu và so sánh công cụ HLAscan và HLAminer cho phân tích HLA từ dữ liệu giải trình tự gen thế hệ mới

Bài viết Giới thiệu và so sánh công cụ HLAscan và HLAminer cho phân tích HLA từ dữ liệu giải trình tự gen thế hệ mới trình bày đánh giá 02 phần mềm HLAscan và HLAminer trên dữ liệu WES và đối chiếu trong cơ sở dữ liệu (CSDL) IMGT/HLA để tìm ra phương pháp phân tích HLA tối ưu, làm cơ sở để sử dụng tiếp cho các vấn đề nghiên cứu sau này. | TNU Journal of Science and Technology 228 01 270 - 277 REVIEW AND COMPARISON OF HLASCAN AND HLAMINER FOR HLA ANALYSIS OF NGS DATA Tran Thi Bich Ngoc1 Vu Phuong Nhung1 Ma Thi Huyen Thuong1 Nguyen Hai Ha1 2 Nguyen Dang Ton1 2 1Institute of Genome Research VAST 2Graduate University of Science and Technology - VAST ARTICLE INFO ABSTRACT Received 14 10 2022 Human leukocyte antigen HLA an essential factor for a successful organ transplant is related to many human diseases. The recent Revised 04 11 2022 advances in next-generation sequencing technologies NGS have led Published 24 11 2022 to increased bandwidth and throughput as well as reduced cost for genome sequencing. Several HLA typing algorithms and assays have KEYWORDS been developed to take advantage of this new development. However due to the variety and polymorphisms of HLA loci HLA typing is HLA still a challenge even with NGS data. For practical usage of this HLAminer technology in both research and clinical environments it is necessary HLAscan to investigate which software tool could provide better HLA typing results from available sequencing data. We have therefore conducted WES experiments to assess two HLA typing tools HLAscan and IMGT HLA HLAminer on whole exome sequencing data WES . HLAscan predicted 21 HLA genotypes with better accuracy and performance than HLAminer. This result can provide directions for future HLA typing studies on WES data. GIỚI THIỆU VÀ SO SÁNH CÔNG CỤ HLASCAN VÀ HLAMINER CHO PHÂN TÍCH HLA TỪ DỮ LIỆU GIẢI TRÌNH TỰ GEN THẾ HỆ MỚI Trần Thị Bích Ngọc1 Vũ Phương Nhung1 Ma Thị Huyền Thương1 Nguyễn Hải Hà1 2 Nguyễn Đăng Tôn1 2 1Viện Nghiên cứu hệ gen - Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam 2Học Viện Khoa học và Công nghệ - Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam THÔNG TIN BÀI BÁO TÓM TẮT Ngày nhận bài 14 10 2022 Hệ thống phức hợp kháng nguyên bạch cầu người HLA đóng vai trò quan trọng quyết định kết quả của việc cấy ghép nội tạng và có Ngày hoàn thiện 04 11 2022 liên quan đến .

• Y khoa - Dược
• Cấy ghép nội tạng
• Công nghệ giải trình tự thế hệ mới
• Dữ liệu NGS
• Peptide kháng nguyên
• Phản ứng miễn dịch
• cấy ghép
• bộ phận thận
• di truyền
• bệnh nhân bệnh tim
• Miễn dịch học thú y
• Phản ứng giữa kháng nguyên và kháng thể
• Phản ứng huyết thanh học
• Nhóm các phản ứng không nhận thấy bằng mắt thường
• Phản ứng huyết thanh lọc quan sát bằng mắt thường
• Phản ứng miễn dịch huỳnh quang trực tiếp
• Phản ứng miễn dịch huỳnh quang IF
• Phản ứng ngưng kết hồng cầu thụ động
• Phản ứng ngưng kết
• Sốc phản vệ
• Phản ứng dị ứng
• Sốc phản vệ sinh lý bệnh miễn dịch
• Cơ chế sốc phản vệ
• Tiêu chuẩn chuẩn đoán sốc phản vệ
• Điều trị sốc phản vệ
• Miễn dịch bệnh lý học
• Giáo trình Miễn dịch bệnh lý học
• Dị ứng thuốc
• Sinh học phản ứng viêm
• Miễn dịch chống nhiễm khuẩn
• Cơ chế bệnh sinh bệnh tự miễn
• Bệnh tự miễn
• Miễn dịch học cơ sở
• Miễn dịch học
• Phản ứng kháng nguyên
• Tế bào miễn dịch
• Biện pháp miễn dịch
• Kháng nguyên
• Kỹ thuật hoá sinh miễn dịch
• Hệ miễn dịch
• Dị ứng trong tai mũi họng
• Chức năng của hệ miễn dịch
• Viêm mũi xoang dị ứng
• Bệnh sử của bệnh viêm mũi xoang dị ứng
• Bài giảng Chẩn đoán sốc phản vệ
• Chẩn đoán và xử trí sốc phản vệ
• Sốc dạng phản vệ
• Bệnh lâm sàng
• Kháng nguyên phản ứng miễn dịch
• Bệnh nhân ung thư gan
• Luận văn thạc sĩ khoa học
• Kháng nguyên ung thư gan
• Mô gan ung thư
• Sinh học thực nghiệm
• Bài viết về y tế
• Viêm gan siêu vi B
• Phản ứng miễn dịch của tế bào Treg
• Bệnh nhân nhiễm HBV mạn HBEAG dương
• Tổn thương gan
• Bài giảng Miễn dịch
• Hệ thống bổ thể
• Con đường hoạt hóa bổ thể
• Chức năng sinh học của bổ thể
• Phản ứng viêm
• Hoạt hóa bổ thể
• Chức năng sinh học của bổ thể
• Dị ứng học đại cương
• Giáo trình Dị ứng học đại cương
• Điều hòa sinh tổng hợp
• Phản ứng miễn dịch dị ứng
• Sinh hóa tổng hợp
• Phản ứng da nặng do thuốc
• Phản ứng da nặng
• Miễn dịch di truyền bẩm sinh
• Thuốc chống động kinh
• Đáp ứng miễn dịch dịch thể
• Kháng thể trung hòa
• Porcine circovirus type 2
• Phản ứng trung hòa virus
• Huyết thanh của lợn
• Bài giảng Vi sinh vật học
• Vi sinh vật học
• Phản ứng huyết thanh
• Kỹ thuật miễn dịch men
• Các loại phản ứng huyết thanh
• Đặc điểm của phản ứng huyết thanh
• Tạp chí Khoa học và Công nghệ
• Miễn dịch huỳnh quang
• Phân tích beta hCG
• Quy trình phản ứng miễn dịch
• Tỉ lệ pha loãng kháng thể Ab β hCG–biotin
• Viêm màng bồ đào trước cấp
• Suy giảm miễn dịch
• Xét nghiệm PCR thủy dịch
• Phản ứng chuỗi Polymerase
• Ganciclovir tiêm nội nhãn
• Nghiên cứu y học
• Hệ thống phòng thủ miễn dịch
• Vi chất dinh dưỡng
• Rối loạn chức năng nhận thức
• Phản ứng miễn dịch dịch thể
• Tạp chí khoa học
• Tạp chí y dược
• Y dược quân sự
• Phương pháp định lượng
• Mô da người
• Vi sinh học
• Bài giảng‎ Vi sinh học
• Năng lực gây bệnh của vi khuẩn
• Sự đề kháng kháng sinh
• Bài giảng Vi sinh vật
• Vi sinh vật
• Chẩn đoán bệnh nhiễm
• Đề kháng kháng sinh
• Nuôi trồng thủy sản
• Bài viết về ngư nghiệp
• Heat shock protein
• Phản ứng Phenoloxidase
• Thông số miễn dịch của tôm sú
• Natural sciences
• Technology sciences
• Cảm biến miễn dịch điện hóa
• Kháng thể IgY
• Virus Newcastle
• Bình phản ứng mini
• Vắc xin cúm A/H5N1
• Tính sinh miễn
• Phản ứng ngăn ngưng kết hồng cầu
• Dịch cúm gia cầm
• Vắc xin Fluvax