TAILIEUCHUNG - Áp dụng mô hình ẩn kết hợp thuật toán Bimeta trong việc gom nhóm trình tự Metagenomic

Bài báo trình bày giải pháp gom nhóm các trình tự trong metagenomic áp dụng mô hình ẩn (Latent Dirichlet Allocation) để tìm chủ đề ẩn có ý nghĩa, làm chủ đề đặc trưng cho trình tự. Từ chủ đề đặc trưng, tiến hành xác định nhóm của trình tự bằng phương pháp Kullback Leibler dựa trên sự phân bổ của chủ đề thay vì tính toán trực tiếp giữa các trình tự. Giải pháp kế thừa thuật toán BiMeta, tạo các nhóm trình tự gốc dựa vào thông tin trùng lắp trước khi áp dụng mô hình ẩn tìm chủ đề, khi đó, dữ liệu phân tích để tìm chủ đề ẩn được giảm đáng kể. | Kỷ yếu Hội nghị Khoa học Quốc gia lần thứ IX Nghiên cứu cơ bản và ứng dụng Công nghệ thông tin FAIR 9 Cần Thơ ngày 4-5 8 2016 DOI ÁP DỤNG MÔ HÌNH ẨN KẾT HỢP THUẬT TOÁN BIMETA TRONG VIỆC GOM NHÓM TRÌNH TỰ METAGENOMIC Văn Đình Vỹ Phƣơng1 3 Trần Văn Lăng3 Trần Văn Hoài1 Lê Văn Vinh2 1 Khoa Khoa học và Kỹ thuật máy tính Trường Đại học Bách khoa TPHCM 2 Khoa Công nghệ thông tin Trường Đại học Sư phạm Kỹ thuật TPHCM 3 Khoa Công nghệ thông tin Trường Đại học Lạc Hồng phuongvdv@ lang@ hoai@ vinhlv@ TÓM TẮT Phân nhóm và xác định loài trong metagenomic là một trong những bài toán lớn của lĩnh vực Sinh-Tin học hiện nay. Bài báo trình bày giải pháp gom nhóm các trình tự trong metagenomic áp dụng mô hình ẩn Latent Dirichlet Allocation để tìm chủ đề ẩn có ý nghĩa làm chủ đề đặc trưng cho trình tự. Từ chủ đề đặc trưng tiến hành xác định nhóm của trình tự bằng phương pháp Kullback Leibler dựa trên sự phân bổ của chủ đề thay vì tính toán trực tiếp giữa các trình tự. Giải pháp kế thừa thuật toán BiMeta tạo các nhóm trình tự gốc dựa vào thông tin trùng lắp trước khi áp dụng mô hình ẩn tìm chủ đề khi đó dữ liệu phân tích để tìm chủ đề ẩn được giảm đáng kể. Từ khóa metagenomic gom nhóm trình tự LDA. I. GIỚI THIỆU Sinh-Tin học bioinformatics là một khái niệm không còn xa lạ trong lĩnh vực nghiên cứu hiện nay. Việc giải mã trình tự DNA luôn là vấn đề tối quan trọng để hiểu rõ bản chất của sinh vật vi sinh vật sống. Cho đến thời điểm hiện nay giải mã trình tự có 2 cách tiếp cận theo phương pháp truyền thống Chain-termination methods gọi tắt là Sanger và phương pháp giải trình tự thế hệ mới Next Generation Sequencing gọi tắt là NGS 1 . Mỗi phương pháp vẫn có những ưu nhược điểm riêng. Môi trường sống luôn là một tập thể của nhiều vi sinh vật có sự tác động qua lại lẫn nhau cũng như sự cộng sinh trong việc tồn tại vì thế việc tách độc lập bộ gen để nuôi cấy và tiến hành nghiên cứu là một vấn đề tốn nhiều chi

• Kỹ thuật lập trình
• Áp dụng mô hình ẩn
• Thuật toán Bimeta
• Gom nhóm trình tự Metagenomic
• Kế thừa thuật toán BiMeta
• Cơ sở dữ liệu
• Viễn thám khoa học
• Nghiên cứu quặng đới sâu
• Dự báo tiềm năng khoáng sản
• Mô hình hóa cấu trúc ẩn sâu
• Nghiên cứu tài nguyên quặng mỏ
• Tài nguyên quặng mỏ
• Nhận dạng tiếng nói tiếng Việt
• Áp dụng bottle neck feature
• Bottle neck feature
• Nhận dạng tiếng Việt
• Mô hình Markov ẩn
• Vietnamese speech recognition
• luận văn thạc sỹ
• luận văn kỹ thuật điện tử
• hệ thống thông tin di động 3g
• mô hình bán Markov ẩn
• mô hình nguồn lỗi
• Hệ thống công cụ VIPER
• tập đoàn sữa
• sữa vinamilk
• thách thức sản phẩm
• dịch vụ thay thế
• sản phẩm thay thế
• đối thủ tiềm ẩn
• mô hình dữ liệu NCBI
• cơ sở dữ liệu EMBL EBI
• cơ sở dữ liệu CIB DDBJ
• nghiên cứu sinh học
• sinh học bài giảng sinh học
• Hệ quản trị cơ sở dữ liệu
• An ninh cơ sở dữ liệu
• Dữ liệu trong cơ sở dữ liệu
• Tài liệu cơ sở dữ liệu
• Hệ cơ sở dữ liệu
• Phát triển cơ sở dữ liệu
• Bài giảng cơ sở dữ liệu chương 11
• Kiến trúc của cơ sở dữ liệu
• Chức năng cơ sở dữ liệu
• Bài giảng cơ sở dữ liệu chương 1
• Quản trị cơ sở dữ liệu
• Tổng quan hệ cơ sở dữ liệu
• Bài giảng cơ sở dữ liệu chương 2
• Kỹ thuật phục hồi cơ sở dữ liệu
• Bài giảng cơ sở dữ liệu chương 8
• Bài giảng Hệ cơ sở dữ liệu
• Hệ thống xử lý tập tin truyền thống
• Tiếp cận cơ sở dữ liệu
• Môi trường hệ quản trị cơ sở dữ liệu
• Cơ sở dữ liệu ba lược đồ
• Bài giảng Các hệ quản trị cơ sở dữ liệu
• Phục hồi cơ sở dữ liệu
• Bài giảng Các hệ cơ sở dữ liệu
• Kiến trúc hệ cơ sở dữ liệu
• Hệ quản trị cơ sở dữ liệu phân tán
• Cơ sở dữ liệu phân tán
• Bài giảng Cơ sở dữ liệu
• Tổng quan về cơ sở dữ liệu
• Cơ sở dữ liệu quan hệ
• Chức năng hệ cơ sở dữ liệu
• Hoạt động hệ cơ sở dữ liệu
• Các hệ cơ sở dữ liệu
• Tìm hiểu hệ cơ sở dữ liệu
• Thiết kế cơ sở dữ liệu
• Cơ sở dữ liệu mức ý niệm
• Cơ sở dữ liệu mức luận lý
• Cơ sở dữ liệu nâng cao
• Bài giảng Cơ sở dữ liệu nâng cao
• Quản lý cơ sở dữ liệu
• Khôi phục cơ sở dữ liệu
• Cài đặt cơ sở dữ liệu
• Hệ thống cơ sở dữ liệu
• Thiết kế cơ sở dữ liệu mức ý niệm
• Thiết kế cơ sở dữ liệu mức luận lý
• Bài giảng Quản trị cơ sở dữ liệu
• Ngôn ngữ SQL
• Xây dựng cơ sở dữ liệu
• Khai thác cơ sở dữ liệu
• Hệ quản trị cơ sở dữ liệu quan hệ
• Khai thác cơ sở dữ liệu trong doanh nghiệp
• Quản trị cơ sở dữ liệu doanh nghiệp
• Hoạch định cơ sở dữ liệu doanh nghiệp
• Các loại trình ứng dụng cơ sở dữ liệu
• Kho dữ liệu
• Khai phá dữ liệu
• Cơ sở dữ liệu đối tượng
• Cơ sở dữ liệu Mobile
• Cơ sở dữ liệu trong bộ nhớ chính
• Cơ sở dữ liệu đa phương tiện
• Cơ sở dữ liệu sinh học
• Khôi phục dữ liệu
• An toàn dữ liệu
• Cấu trúc dữ liệu
• Lưu trữ dữ liệu
• Lập trình cơ sở dữ liệu
• Lý thuyết cơ sở dữ liệu
• Môi trường cơ sở dữ liệu
• Tính chủ quyền của dữ liệu
• Vai trò của quản trị cơ sở dữ liệu
• Môi trường quản trị cơ sở dữ liệu
• Hoạt động quản trị cơ sở dữ liệu
• Kiểm soát dữ liệu
• Quản lý thay đổi cơ sở dữ liệu
• Bài giảng Cơ sở dữ liệu (Database)
• Lược đồ cơ sở dữ liệu
• Cấu túc cơ sở dữ liệu
• Mô hình thực thể quan hệ
• Thực hành Cơ sở dữ liệu
• Tài liệu Cơ sở dữ liệu nâng cao