TAILIEUCHUNG - Thuật toán lập bản đồ gen để xác định vi trí gen mang mầm bệnh

“Lập bản đồ gen” chính là việc lập bản đồ của các gen để xác định vị trí trên các nhiễm sắc thể. Đây là một bước then chốt trong việc hiểu về các bệnh di truyền. Có hai loại “lập bản đồ gen”: lập bản đồ di truyền – sử dụng phân tích liên kết để xác định mối quan hệ của hai gen trên một nhiễm sắc thể; lập bản đồ vật lý – sử dụng các kỹ thuật hoặc các thông tin sẵn có để xác định vị trí tuyệt đối của gen trên một nhiễm sắc thể. Trong bài báo này chúng tôi đề xuất một hướng tiếp cận qua đó nâng cao hiệu suất của thuật toán sử dụng việc phân tích liên kết để lập bản đồ gen. | TẠP CHÍ PHÁT TRIỂN KH&CN, TẬP 9, SỐ 6 - 2006 THUẬT TOÁN LẬP BẢN ĐỒ GEN ĐỂ XÁC ĐỊNH VỊ TRÍ GEN MANG MẦM BỆNH Huỳnh Thị Mỹ Trang, Trần Văn Lăng Phân viện Công nghệ thông tin tại (Bài nhận ngày 24 tháng 01 năm 2006, hoàn chỉnh sửa chữa ngày 17 tháng 04 năm 2006) TÓM TẮT: “Lập bản đồ gen” chính là việc lập bản đồ của các gen để xác định vị trí trên các nhiễm sắc thể. Đây là một bước then chốt trong việc hiểu về các bệnh di truyền. Có hai loại “lập bản đồ gen”: lập bản đồ di truyền – sử dụng phân tích liên kết để xác định mối quan hệ của hai gen trên một nhiễm sắc thể; lập bản đồ vật lý – sử dụng các kỹ thuật hoặc các thông tin sẵn có để xác định vị trí tuyệt đối của gen trên một nhiễm sắc thể. Trong bài báo này chúng tôi đề xuất một hướng tiếp cận qua đó nâng cao hiệu suất của thuật toán sử dụng việc phân tích liên kết để lập bản đồ gen. Chúng tôi đã xây dựng thuật toán dùng phương pháp Haplotype Pattern Mining (HPM) và Density Based Spatial Clustering of Application with Noise (DBSCAN). Thuật toán này được thực hiện trên hệ thống tính toán lưới gồm các cluster của IOIT-HCM (Phân viện Công nghệ thông tin tại TP. Hồ Chí Minh) và của KISTI (Korea Institute of Science and Technology Information) 1. GIỚI THIỆU Lập bản đồ gen thường dựa trên việc phân tích các trình tự di truyền gọi là haplotype. Một haplotype là một đại diện của DNA nằm dọc theo sợi nhiễm sắc thể. Trong các nghiên cứu quần thể bị bệnh và khoẻ mạnh, haplotype là chuỗi có chiều dài cố định. Khi thừa kế từ thế hệ này đến thế hệ khác, các haplotype được tái kết hợp bằng trao đổi chéo. Quá trình này làm tăng trạng thái biến dị của haplotype. Chính trạng thái biến dị này phản ảnh tính lịch sử của mỗi haplotype, hai haplotype có cùng một tổ tiên có khả năng chia sẻ chung một phân đoạn DNA của tổ tiên. Trong lập bản đồ kết hợp (association mapping), các nhà di truyền học tìm kiếm các phân đoạn tiêu biểu nhất của các bệnh nhân tương ứng với một loại bệnh nào đó. Vị trí của các phân đoạn này là vị trí của

• Sinh học
• Thuật toán lập bản đồ gen
• Bản đồ gen
• Xác định vi trí gen mang mầm bệnh
• Gen mang mầm bệnh
• Bản đồ di truyền
• Bệnh di truyền
• trình bày báo cáo
• báo cáo ngành kỹ thuật
• báo cáo về tin học
• báo cáo ngành văn học
• báo cáo tiếng anh
• Dịch vụ chăm sóc sức khỏe
• Tư vấn di truyền
• Di truyền học
• bệnh nhiễm sắc thể
• di truyền đơn gen
• Thụ tinh trong ống nghiệm
• Phát triển phôi
• Sàng lọc di truyền tiền làm tổ
• Chuẩn đoán di truyền tiền làm tổ
• Các lựa chọn sàng lọc và chẩn đoán trước sinh
• Chẩn đoán di truyền tiền làm tổ
• Chẩn đoán di truyền bệnh thalassemia
• Ứng dụng chẩn đoán di truyền trước chuyển phôi
• Phác đồ kích thích buồng trứng
• Chẩn đoán di truyền đột biến trên phôi sinh thiết
• Chẩn đoán di truyền trên phôi túi
• Bài giảng tư vấn di truyền
• Thông tin tư vấn di truyền
• Tư vấn di truyền phối hợp
• Cấu trúc phả hệ
• Bệnh lý di truyền
• Một số vấn đề di truyền học
• Mã di truyền
• Cơ chế di truyền
• Phân tích gen
• di truyền học người
• di truyền y học
• di truyền phân tử
• bệnh di truyền phân tử
• bệnh hồng cầu lưỡi liềm
• Xét nghiệm di truyền
• Chẩn đoán các bệnh tim mạch
• Nguyên nhân di truyền
• Vai trò của di truyền
• Xét nghiệm di truyền trong bệnh tim mạch
• Cơ sở di truyền
• Sâu bệnh hại cây trồng
• Tính kháng sâu bệnh hại cây trồng
• Di truyền học phân tử
• Cơ sở di truyền tính kháng
• Sinh lý bệnh
• Bệnh truyền nhiễm
• Di truyền vi khuẩn
• Di truyền vi sinh vật
• Bài giảng di truyền vi sinh vật
• Bài giảng di truyền vi khuẩn
• Bài giảng chuyên đề Bệnh học
• Biến dị Chromosome
• Biến đổi di truyền của gen
• Điều trị các bệnh lý di truyền
• Cơ chế bệnh sinh
• Nguyên tắc dự phòng
• dị tật bẩm sinh
• thuật ngữ di tuyền
• chuyên đề sinh học
• Đột biến gene
• Biến dị di truyền
• Công nghệ sinh học
• Chẩn đoán bệnh di truyền
• Di truyền tế bào học lâm sàng
• phòng bệnh di truyền
• bệnh di truyền là gì
• y học thường thức
• y học cơ sở
• kiến thức y học
• Bài giảng Di truyền học người
• Cơ chế bệnh ung thư
• Cách phòng ngừa bệnh ung thư
• Cách điều trị bệnh ung thư
• Tạp chí Công nghệ Sinh học
• Xác định biến đổi di truyền
• Biến đổi di truyền trên gen PSORS1C3
• Biến đổi di truyền
• Bệnh nhân mắc bệnh vảy nến Việt Nam
• Chẩn đoán Charcot Marie Tooth
• Bệnh lý thần kinh di truyền
• Bệnh thần kinh vận động
• Rối loạn thần kinh
• gen ung thư
• Hiện tượng di truyền y học
• Bài giảng Di truyền y học
• Cơ chế tự nhân đôi
• Gen và mã di truyền
• Bệnh học phân tử
• Di truyền giới tính
• Di truyền ung thư ở người
• Đột biến gene gây ung thư
• Bệnh lưỡng tính ở người
• Giáo trình Di truyền
• Chọn giống thủy sản
• Di truyền và chọn giống thủy sản
• Nuôi trồng thủy sản
• Bệnh học thủy sản
• Công nghệ di truyền
• Cải thiện di truyền cá
• Giáo án Sinh học 9 bài 29
• Giáo án điện tử Sinh học 9
• Giáo án điện tử lớp 9
• Giáo án lớp 9 môn Sinh học
• Bệnh và tật di truyền ở người
• Bệnh di truyền ở người
• Tật di truyền ở người
• Bài giảng Sinh học 9 bài 29
• Bài giảng điện tử Sinh học 9
• Bài giảng điện tử lớp 9
• Bài giảng lớp 9 môn Sinh học