TAILIEUCHUNG - Computational detection of natural selection in gene family expansion and contraction

Here we use a model of stochastic birth and death for mapping gene family evolution onto a phylogeny, and show that it can be efficiently applied to multispecies comparisons. The model offers the opportunity for researchers to make stronger inferences regarding the role of natural selection and changing duplication and deletion rates in gene family expansion or contraction. The work is performed as a part of the first author’s MS thesis under the second author’s supervision. | ’ Tap ch´ Tin hoc v` Diˆu khiˆ n hoc, , (2007), 1—14 ı e e . . a ` . COMPUTATIONAL DETECTION OF NATURAL SELECTION IN GENE FAMILY EXPANSION AND CONTRACTION CHI NGUYEN1 , NELLO CRISTIANINI 2 1 Department of Computer Science, University of California, Davis, USA 2 Department of Statistics, University of California, Davis, USA Abstract. Researchers have generally attributed ostensibly large differences in family size to the effects of natural selection in promoting either the expansion or contraction of families along specific lineages, without a strong statistical basis. Here we use a model of stochastic birth and death for mapping gene family evolution onto a phylogeny, and show that it can be efficiently applied to multispecies comparisons. The model offers the opportunity for researchers to make stronger inferences regarding the role of natural selection and changing duplication and deletion rates in gene family expansion or contraction. The work is performed as a part of the first author’s MS thesis under the second author’s supervision. ´ ´ ’ ` T´m t˘t. Thˆng thu.`.ng c´c nh` nghiˆn c´.u g˘n su. kh´c nhau l´.n theo ve bˆ ngo`i cua k´ c˜. o a o o a a e u a a o e a ’ ıch o . .i su. anh cua viˆc chon tu. nhiˆn trong qu´ tr` th´ c dˆ y su. mo. rˆng hay thu ’ ’ ’ e a ınh u a . ’ o e . ınh o gia d` v´ . ’ . . . . ´ ´ ´ ´ . ’ ’ o ınh u hep cua gia d` trong nh˜.ng thˆ hˆ sau m` khˆng trˆn mˆt co. so. thˆng kˆ ch˘c ch˘ n. Trong e a a e e a o e o . . . . dung mˆt mˆ h` thˆng kˆ sinh-tu. dˆ ´nh xa su. tiˆn ho´ cua c´c ho gien ’ ´ ´ ’ ea o o ınh o e a ’ a . b`i b´o n`y, ch´ ng tˆi su . a a a u o ’ . . . e ’ ` ’ t´.i mˆt cˆy phˆn lo`i, v` chı ra r˘ ng mˆ h` n`y c´ thˆ ´p dung mˆt c´ch c´ hiˆu qua cho su. o o a a a a ’ a o ınh a o e a o a o e . . . . . . .a ra mˆt co. hˆi cho c´c nh` nghiˆn c´.u hiˆn nh˜.ng suy diˆn ch´ ˜ o o a a e u e u e ınh a o ınh so s´nh da lo`i. Mˆ h` du a . . . . ´ . x´c liˆn quan t´.i vai tr` cua su. chon

• Kỹ thuật lập trình
• Tạo chí tin học
• Điều khiển học
• Computational detection
• atural selection
• Gene family expansion
• Cơ sở thống kê
• Luận văn tiến sĩ
• Luận văn tiến sĩ Báo chí học
• Báo chí học
• Thông tin về giáo dục và đào tạo
• Giáo dục đào tạo trên báo in
• Hệ thống tín chỉ
• Đào tạo theo hệ thống tín chỉ
• Thay đổi chương trình đào tạo tín chỉ
• Chương trình đào tạo đại học
• Quản lý chương trình đào tạo tín chỉ
• Thực trạng quản lý đào tạo tín chỉ
• Tạp chí Thông tin tư liệu
• Định hướng nghề nghiệp
• Thư viện Thông tin học
• Mục tiêu đào tạo
• Sinh viên ngành Thư viện Thông tin
• Chương trình đào tạo
• Đề thi học sinh giỏi cấp Thành phố Tin 12
• Đề thi học sinh giỏi cấp Thành phố
• Đề thi học sinh giỏi Tin học 12
• Đề thi tin học
• Ôn tập Tin học 12
• Câu hỏi Tin học 12 nâng cao
• Tạp chí khoa học
• Giải pháp xây dựng sản phẩm thông tin
• Phát triển sản phẩm thông tin thư viện
• Sản phẩm thông tin thư viện
• Đào tạo theo học chế tín
• Thư viện điện tử
• Trường cao đẳng sư phạm Thừa Thiên Huế
• Cải tiến dịch vụ thư viện
• Dịch vụ thông tin – thư viện
• Hoạt động thông tin thư viện
• Đào tạo người dùng thư viện
• Thư viện thông tin
• Kiến thức thông tin
• Đào tạo kiến thức thông tin
• Thư viện trường đại học
• Cán bộ thư viện
• Khoa học giáo dục
• Trang thông tin điện tử
• Bộ tiêu chí đánh giá trang thông tin điện tử
• Giáo dục đại học
• Đào tạo giáo viên
• Tạp chí Giáo dục
• An toàn thông tin
• Đào tạo ngành an toàn thông tin
• Bảo mật thông tin
• Nâng cao chất lượng đào tạo ngành ATTT
• Thông tin Thư viện
• Đào tạo ngành Thông tin – Thư viện
• Công tác đảm bảo chất lượng
• Quản trị thông tin
• Cải tiến chất lượng chương trình cử nhân
• Kỷ yếu hội thảo khoa học
• Báo chí truyền thông
• Đào tạo báo chí
• Định hướng công nghệ trong đào tạo báo chí
• Công nghệ thông tin và truyền thông
• Công nghệ kỹ thuật số
• Phát triển Học viện Ngân hàng
• Tạp chí Khoa học và Đào tạo Ngân hàng
• Thông tin Khoa học Ngân hàng
• Nâng cao chất lượng tạp chí
• Thư viện đại học
• Giáo dục đào tạo
• Học viện Cảnh sát Nhân dân
• Tin học cơ bản
• Trường Đại học Sư phạm Thành phố Hồ Chí Minh
• Nâng cao chất lượng đào tạo
• Biện pháp đổi mới hoạt động kiểm tra
• Đánh giá môn Tin học cơ bản
• Tạp chí Đại học công nghiệp thực phẩm
• Đào tạo tín chỉ
• Trường đại học công nghiệp thực phẩm
• Thành phố Hồ Chí Minh
• Đào tạo niên chế
• quản lý đào tạo
• học viện báo chí
• khai thác thông tin
• quản lý văn bản
• cao học văn hóa
• luận văn cao học
• tài liệu vao học
• luận văn
• Tạp chí Khoa học Thương mại
• Bất cân xứng thông tin
• Trường đại học
• Bất cân xứng thông tin trong đào tạo ĐH
• Nhu cầu thông tin
• Nâng cao chất lượng phục vụ
• Phương pháp đánh giá người học
• Nguồn lực thông tin
• Phát triển nguồn lực thông tin
• Nguồn lực thông tin ngành đi biển
• Cơ cấu tổ chức nguồn lực thông tin
• Nguồn tài liệu nội sinh
• Luận án Tiến sĩ
• Luận án Tiến sĩ Báo chí học
• Thông tin về giáo dục
• Đào tạo trên báo in
• Báo in ở Việt Nam
• Tư tưởng Hồ Chí Minh
• Tính tích cực
• Chủ động
• Sáng tạo
• Trung cấp chuyên nghiệp
• Hệ thống thông tin tư liệu
• Thiết kế bài giảng điện tử
• Phương thức đào tạo tín chỉ
• Môn Tư tưởng Hồ Chí Minh
• Đổi mới giáo dục
• Phát triển tư tưởng Hồ Chí Minh
• Giá trị của tư tưởng Hồ Chí Minh
• Học viện Công nghệ Bưu chính Viễn thông
• Mô hình quản lý đào tạo
• Chuyển đổi mô hình quản lý đào tạo
• Học chế tín chỉ
• Hệ niên chế
• Đào tạo theo tín chỉ
• Hệ thống đào tạo đại học
• Trường Đại học Sư phạm Hà Nội
• Sản phẩm thông tin thư viện
• Dịch vụ thông tin thư viện
• Hệ thống sản phẩm và dịch vụ
• Mô hình hệ thống sản phẩm